با توجه به اولویت گزارش مسائل سیاسی در منابع تاریخی، پرداختن به مسائل اجتماعی همچون شیوع بیماری‌ها چندان مورد التفات نبوده است و اگر ذکری از بیماری‌ها به میان آمده اغلب به‌صورت بسیار اندک به شیوع و تلفات جمعیتی آن اشاره شده است که در این بین دو بیماری طاعون و وبا به سبب تلفات زیاد، از اهمیت بیشتری برخوردار بودند و در اغلب منابع توأمان مورد اشاره قرار گرفته‌اند.
اطلاعاتی که منابع تاریخی از شیوع طاعون و تلفات آن در عصر صفوی به دست می‌دهند در ارتباط مستقیم با تختگاه سیاسی است و جالب این که با تغییر مرکز سیاسی، گزارش‌های مربوط به شیوع طاعون نیز تغییر یافته است.
نخستین اطلاعات درباره شیوع طاعون در اواخر حکومت آق قویونلوها و برآمدن حکومت صفوی را روزبهان خنجی به‌دست می‌دهد، او در ذکر وقایع سال‌های 893-892 به بروز طاعون و مرگ تعداد زیادی در تبریز اشاره کرده است، گزارش منابع دیگر این موضوع را تایید می‌کند.برای دوره شاه اسماعیل اول اطلاعات چندانی در دست نیست، تنها به بروز طاعون در سال 908 اشاره شده است که در عراق و فارس تلفات جمعیتی زیادی به دنبال داشت، نتیجه متعاقب بروز طاعون، پیدایش قحطی و ناامنی راه‌ها در مناطق مذکور بود.
برای دوره سلطنت شاه طهماسب تا برآمدن شاه عباس اطلاعات بهتری وجود دارد. طاعون سال 943 گیلان به فوت والی آن سلطان حسن بن کارکیا خان احمد منجر شد، گزارش‌های مختلفی به بروز طاعون در سال 946 در تبریز و فوت تعداد زیادی از اهالی شهر اشاره داشته‌اند. عدم توجه حکومت در این دوره نسبت به بهداشت و سلامت افراد، عامل مهمی در افزایش تعداد قربانیان بود، تنها اقدام خاندان حکومتی به هنگام بروز طاعون، ترک شهر یا عدم ورود بدان تا سپری شدن کامل بیماری بود. شاه طهماسب در سال 951 با شنیدن خبر شیوع طاعون در تبریز تا زمان رفع کامل بیماری به شهر برنگشت.
بروز طاعون در سال‌های 952، 955و 956 در شهر تبریز، به سال 958 در اردوی شاه طهماسب، سال 964 در عراق عرب اصفهان و در سال 980 در برخی بلاد گزارش شده است.طاعون وحشتناک سال 981 در اردبیل و نواحی اطراف آن، جان حدود 30 هزار نفر را گرفت، این کشتار چنان بالا بود که اغلب منابع تاریخی عصر صفوی، به آن اشاره کرده‌اند. به مانند امور سیاسی، با تغییر تختگاه سیاسی از تبریز به قزوین در دوره شاه طهماسب، شیوع طاعون در آن شهر به سال 985 گزارش شده است.
طاعون و وبای سال 988 در بلاد آذربایجان و شهر تبریز جان شش هزار نفر را گرفت و به سال 989 در قم در مدت سه ماه، قریب به پنج شش هزار نفر را در کام مرگ فرو برد، عدم شناسایی مرض، عامل این کشتار بود. «چون در ولایت طاعون کمتر مى‌شد، مردم در اوایل حال راه بدان نمی‌بردند. آخر واقف گشته مردم شهر بالتمام متفرق شدند....»
برای فاصله زمانی برآمدن شاه عباس تا سقوط صفویه (966-1135ق) به بروز طاعون و وبا در برخی سال‌ها اشاره شده است. شیوع طاعون به سال 1001 در قزوین و به سال 1002 در اصفهان، ضمن آن که موجب فوت تعداد کثیری شد، تبعات اقتصادی زیادی نیز به همراه داشت.
دومین فاجعه سهمگین شیوع طاعون نیز در سال 1034 در اردبیل، خلخال، سراب و ارس روی داد که قریب به صدهزار نفر فوتی به همراه داشت، در اردبیل تعداد فوتی‌ها به 20 هزار نفر می‌رسید که این آمار، باعث تعجب پیران منطقه شد، آنها چنین چیزی را در عمرشان و در آن منطقه ندیده بودند. شیوع طاعون در سال 1044-1045 در قزوین، آذربایجان و عراق عرب، منجر به فوت تعداد زیادی از افراد شد که این کشتار در بغداد شدیدتر بود.
سال بعد یعنی 1046 این بیماری دوباره در اردبیل شیوع یافت. گزارش‌های دیگری به بروز طاعون در دوره شاه سلیمان و نیز هنگام سقوط حکومت صفویه اشاره کرده‌اند.
بروز و شیوع بیماری‌های طاعون و وبا یکی از مهم‌ترین دلایل فوت زودرس افراد در عصر صفوی محسوب می‌شود. عدم توجه حکومت به سلامت و بهداشت مردم و کم‌توجهی عامه مردم به برخی مسائل بهداشتی در همه‌گیری بیماری‌های مسری بی‌تاثیر نبود.
برای مثال حمل جسد برای دفن در اماکن متبرکه به هنگام بروز وبا و طاعون، یکی از علل شیوع این بیماری بود. گزارش‌هایی این موضوع را تایید می‌کند. در سال 985 با صدور فرمانی این کار ممنوع اعلام شد: «...حکم قضا نفاذ شرف صدور یافت که میت و مردم بیمار را از قزوین به قم نبرند و اگر کسى پنهانى بدان اقدام کند سیاست کنند...»
همچنین عامل اصلی بروز طاعون سال 989 در قم، حمل اجساد تعدادی از فوت‌شدگان طاعون در تبریز برای دفن در قم بود. بدین صورت ملاحظه می‌شود که عدم رعایت بهداشت، موجب بروز طاعون در مناطق دیگر شده، تلفات جمعیتی، قحطی و نابسامانی‌های اقتصادی فراوانی به دنبال داشت.
گزارش نطنزی از طاعون سال 1002 اصفهان، به خوبی وضعیت بد اقتصادی شهر را نشان می‌دهد. برپایه این گزارش، شیوع طاعون در اصفهان، موجب ایجاد رعب و وحشت در شهر شده، مردم را مجبور ساخت تا برای حفظ جانشان شهر را ترک کنند که این موضوع به نوبه خود بیم مالی نیز به دنبال داشت تا آنجا که تمام محصولات کشاورزی از انواع میوه و سبزیجات از بین رفت: «چنین گویند که دراین چند سال، در اصفهان این نوع محصول خصوصا صیفى نیامده بود و به واسطه آنکه کسى نبود که ضبط کند و بخورد، تمامى ضایع ماند... میوه بسیار از خربزه و انگور و سایر فواکه به شهر مى‌آوردند و در میدان مى‌ریختند و کسى نبود که بخرد و بخورد و همه ضایع مى‌شد.»
تعداد افرادی که بر اثر این بیماری جان خود را از دست داده بودند «قریب» 30 تا 50 هزار نفر ذکر شده است. ناگفته نماند که در قبول آمار و ارقام ارائه شده از سوی مورخان درخصوص تعداد نفرات فوتی متعاقب بروز طاعون، باید کمی محتاط بود چراکه در عصر صفوی نهاد متصدی سرشماری وجود نداشت. کاربرد عباراتی چون «قریب» و «حدود» در هنگام اشاره به تلفات جمعیتی توسط مورخان، نشانگر عدم دسترسی آنها به آمار دقیق است.
منبع: محمدعلی پرغو، جواد علی‌پور سیلاب، «طاعون در ایران عصر صفوی»، تحقیقات تاریخ اجتماعی، 1396.
