مرتضی میرحسینی؛ تفتیش عقاید اولین‌بار در فرانسه پا گرفت، اما این اسپانیایی‌ها بودند که آن را تقویت کردند و توسعه دادند. قرن شانزدهم اوج فعالیت و حتی قدرت‌نمایی دستگاه تفتیش عقاید بود و حوزه کار آن به مستعمرات اسپانیا هم رسید.
مثلا سال 1536 در چنین روزی، نخستین دادگاه تفتیش عقاید در مکزیک شروع به کار کرد تا «گوسفندان آواره را به آغل کلیسا» بازگرداند.
تفتیش عقاید را معمولا با شکنجه‌های سخت و بازجویی‌ها و دادگاه‌هایش می‌شناسیم، اما چنانکه دبورا بکراش (در کتاب «تفتیش عقاید») می‌گوید مساله فراتر از این بود و ایجاد و تداوم کار چنین دستگاهی، در واقع جلوه‌ای از تمامیت‌خواهی کلیسا در آن دوران محسوب می‌شد؛ «تفتیش عقاید عبارت بود از هیات‌های داوری بسیار مجهز که کلیسای کاتولیک می‌کوشید از طریق آن‌ها به یکپارچگی اندیشه و عمل دینی دست یابد و آن را حفظ کند.
برای این منظور، کلیسا به کارگزاران خود که ماموران تفتیش عقاید نامیده می‌شدند، اختیار داد که کسانی را که ممکن بود اعتقادات یا اعمال‌شان مغایر آموزه‌های کلیسا باشد بیابند.» کلیسا تقریبا در سراسر قرون وسطی - چه از حیث اثرگذاری و چه از حیث وسعت تشکیلات و فراگیری - مهم‌ترین نهاد اروپایی بود و می‌گویند اکثریت مطلق ساکنان این قاره از همان بدو تولد، خواه ناخواه یکی از اعضای آن به شمار می‌رفتند.
اما همین تشکیلات قوی و گسترده، کوچک‌ترین دگراندیشی یا حتی شک و تردید‌های مردم عادی را تحمل نمی‌کرد. اتفاقا هر قدر بزرگ‌تر می‌شد، مخالفت‌ها و انتقادات را کمتر تحمل می‌کرد. از این‌رو دادگاه‌های تفتیش عقاید عملا ابزاری بود برای مقابله با همه کسانی که بی‌چون و چرا، قدرت پاپ را نمی‌پذیرفتند.
«پاپ‌ها متوجه این نکته بودند که شک کردن در آموزه‌های کاتولیکی قدرت سیاسی چشمگیر کلیسا را زایل خواهد کرد. به هر قیمتی که شده باید تهدید‌هایی که متوجه قدرت سیاسی و معنوی کلیسا بود حذف یا خنثی می‌شد.»
هدف این دستگاه که قدرت و نفوذش مستقیم از خود پاپ نشأت می‌گرفت این بود که جلوی نشر هر تفسیری از دین، متفاوت با تفسیر رسمی را بگیرد و - به زعم عاملانش - مانع لغزش‌های اخلاقی و ایمانی مسیحیان شود. از نظر آن‌ها هر برداشتی از آموزه‌های دینی که در چارچوب برداشت رسمی جای نمی‌گرفت نوعی از بدعت و انحراف بود و باید اصلاح یا محو می‌شد.
ابتدا قرار بود دستگاه تفتیش عقاید، وظیفه خود را از طریق اقناع فکری انجام دهد، اما «رهبران دستگاه تفتیش عقاید، برای ترساندن کسانی که گمان می‌کردند از آموزه‌های رسمی کاتولیک منحرف شده‌اند، به مجازات‌های شدید، حتی اعدام از طریق سوزاندن، متوسل شدند.»
مثلا ژاندارک را در یکی از همین دادگاه‌های تفتیش عقاید محاکمه کردند و بعد حکم به مرگ او میان شعله‌های آتش دادند (سن او زمان اعدام به 20 سال هم نمی‌رسید). از گالیله هم که می‌گفت زمین مرکز کائنات نیست درست 200 سال بعد از سوزاندن ژاندارک در یکی از همین دادگاه‌ها بازجویی کردند. هرچند شرایط او با ژاندارک متفاوت بود و - با مصالحه‌ای - از آن ماجرا جان به در برد.
