سرویس سیاست مشرق - یکی از افرادی که مورد رصد اطلاعاتی ساواک قرار داشت آیت الله سید علی حسینی خامنه ای بود؛ چرا که از او به عنوان یکی از امیدهای مرجعیت و آینده نهضت یاد می شد.
در سندی از ساواک مربوط به مهرماه 1350 آمده است: «ساعت 19:30 روز 28/6 در ملاقاتی که با سیدمحمود طالقانی در مسجد هدایت (خیابان اسلامبول تهران) به عمل آمده، نامبرده ضمن سؤال از وضع روحانیت مشهد، قبل از اظهار نظر پیرامون مسایل دیگر، از وضع سیدعلی خامنه‌ای استفسار نمود و اظهار داشت: خامنه‌ای از افرادی است که خیلی مایه امیدواری است و در آینده می‌تواند مرجع مطمئنی برای روشنفکران و آزادیخواهان باشد و افکارش قابل تقدیر است.
نظریه شنبه: با توجه به اظهارات سیدمحمود طالقانی اصلح است روی سیدعلی خامنه‌ای دقت بیشتر مبذول گردد و بعید به نظر نمی‌رسد که گاهی از عناصر افراطی دیگر و افراد وابسته جبهه به اصطلاح ملی دستور بگیرد و یا آلت دست افراد بیگانه واقع شود.
نظریه یکشنبه: همان طوری که در گزارشات قبلی اظهار نظر گردیده سیدعلی خامنه‌ای از روحانیون افراطی می‌باشد که افراد جبهه به اصطلاح ملی از وی طرفداری و تعریف نموده و مشارالیه هم با برخی از همین قبیل افراد تماس‌هایی دارد. پدرام».
