در واکنش به مطلبی درباره آیت‌الله اعرافی در عصر ایران، آقای سید عمار کلانتری متن زیر را در نقد آن نوشته است:
بسمه تعالی
مدیریت محترم سایت وزین عصرایران
با سلام
پیرو انتشار مطلبی با عنوان «آیت‌الله اعرافی؛ مدیریت حوزه بی‌جنجال و با طمأنینه» که برخلاف مشی کلی آن رسانه، شامل چندین گزاره خلاف واقع بود، به نکات زیر اشاره می کنم.
در بخشی از این مطلب آمده است: «ناگهان چشمم به درس استاد سروش محلاتی افتاد. به یاد جنجالی در همین دو ماه پیش افتادم که کم مانده بود طلاب را از چنین مجلسی محروم کند.»
مشخص نیست مقصود نویسنده کدام جنجال است؟ آنچه کم مانده بود طلاب را از مجلس درس استاد سروش محلاتی محروم کند، اقدام مدیریت حوزه علمیه قم در حذف نام ایشان از سایت اساتید بود که به رغم تذکر دلسوزان و بزرگان حوزه به جناب آقای اعرافی، اصلاح نشد؛ تا روز اول آغاز دروس که سخنان صریح استاد سروش و بازتاب گسترده آن در جامعه باعث شد در همان روز، آقایان ناگزیر مشکل را حل کنند.
در بخشی دیگر نوشته شده است: «سخنان جناب سروش محلاتی در ابتدای سال تحصیلی حوزه‌های علمیه این شائبه را به‌وجود آورد که محدودیت در ثبت دروس ایشان به دلیل برخی مواضع انتقادی و نه به‌خاطر موضوعات دیگری چون محل برگزاری درس‌ها صورت گرفته است. طرح مزبور با هدف رونق بخشیدن به برگزاری دروس و تجمیع کلاس‌های درس در مرکز حوزه یعنی مدرسه فیضیه و دارالشفاء و مسجد اعظم و اطراف حرم مطهر، نظیر مدرسه‌خان و مدرسه آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی و در نهایت ارتباط مدام طلاب با حرم نورانی کریمه اهل بیت علیهاالسلام صورت گرفته و طبیعتا شامل افراد و مؤسسات و مّدرس‌های دیگری هم می‌شود.»
این بخش از مطلب در حالی است که درس استاد سروش محلاتی که حکم به تعطیلی آن کردند، در حاشیه حوزه نبود. بلکه از سی سال قبل در مرکز حوزه و در مدرسه آیت‌الله گلپایگانی تشکیل شده بود که از نزدیکترین مدرس‌ها به حرم مطهر به شمار می‌رود. اگر هدف تجمیع کلاسها و رونق بخشیدن به دروس در مرکز حوزه بوده و ارتباطی هم با مواضع استادان نداشته، قاعدتا انتقال دروس استادانی چون خود جناب اعرافی که اکنون بسیار دورتر از حرم تشکیل می شود، بهتر می تواند باعث رونق دروس در اطراف حرم شود.
در بخش دیگری درباره مدیر محترم حوزه نوشته شده: «چشم طمع به مناصب دیگر ندوخته و از این مدیریت نردبان نساخته و "هم و غم" خود را معطوف حوزه و حفظ کیان حوزه‌ها کرده»
البته جناب آقای اعرافی هم اکنون نیز عضو فقهای شورای نگهبان، عضو خبرگان و امام جمعه قم هستند و در مظان مسئولیت‌های دیگر نیز بوده اند. با این حال نگارش چنین نوشتارهای غیر«ستایش‌آمیز»! در آستانه انتخابات خبرگان و همزمان با شایعاتی در باره افزایش بیشتر مسئولیت های ایشان، بیشتر باعث بروز شائبه هایی در خصوص ایشان می شود و مشخص نیست امثال نویسنده به ایشان خدمت می کنند یا اقداماتشان نتایج دیگری خواهد داشت.
با احترام. سید عمار کلانتری
