از مراجع بزرگ حوزه علیمه نجف پس از مرحوم آیت الله شاهرودی و مرحوم آیت الله حکیم است وی از اساتید بزرگ حوزه نجف همچون شیخ فتح الله شریعت اصفهانی، میرزای نائینی، آقا ضیاء الدین عراقی سید ابوالقاسم خوانساری، سید عبدالغفار مازندرانی، شیخ محمد حسین غروی اصفهانی و آیت الله کمپانی بهره برد و به درجه اجتهاد نایل آمد تقریرات زیادی از درسهای ایشان به چاپ رسیده است که بعضی از مهمترین آن عبارتند از: التنقیح فی شرح العروة الوثقی،تحریر العروة الوثقی، معتمد العروة الوثقی، مستند العروة الوثقی، مبانی العروة الوثقی، مدارک العروة الوثقی در فقه و مبانی الاستنباط، المحاضرات فی اصول الفقه، دراسات فی علم الاصول، مصباح الاصول، مصابیح الاصول، که هر کدام از آن را یکی از شاگردان برجسته ایشان به رشته تحریر در آورده است.
آیت الله خویی در سه رشته فقه و اصول و رجال تحقیقات و تدریسهای گسترده ای داشت و در هر سه زمینه آثار ارزشمندی را از خود به جای گذاشت، کتابهای: معجم رجال الحدیث، البیان فی تفسیر القرآن، اجود التقریرات، تکملة منهاج الصالحین، تعلیقه علی عروة الوثقی، مستحدثات المسائل، المسائل المنتخبه از آن جمله است. آیت الله خویی علاوه بر تحقیق و تدریس در مباحث اصولی و فقهی و دیگر علوم اسلامی در جریان مسائل سیاسی اجتماعی زمان خویش حضور فعال داشت و در این خصوص در قیام شیعیان عراق در رمضان(1412 ه.ق) ایفای نقش نمود.
بخش عمده مرجعیت تشیع در کشورهای عربی و ایران به عهده این فقیه دانشمند بود آیت الله سید علی عبد الاعلی سبزواری و آیت الله سید علی سیستانی از جمله شاگردان برجسته این بزرگوارند که امر مرجعیت را پس از ایشان در نجف به عهده گرفتند.