آیت الله سید روح الله موسوی خمینی، از شاگردان نامدار مرحوم آیت الله حائری بود او همچنین از محضر آیات عظام شیخ محمد علی شاه آبادی، شیخ آقا رضا مسجد شاهی اصفهانی و میر سید علی یثربی کاشانی بهره گرفت در سال 1340 شمسی پس از رحلت آیت الله بروجردی بر ضد رژیم ستم شاهی قیام کرد و با پیشگامی مردانه او جمعی از مراجع دیگر قم نیز قدم جلو گذاشتند و در نهایت آن مرد نامی تاریخ روحانیت و مرجعیت شیعه دستگیر و به ترکیه تبعید شد.
امام خمینی روحانی و بخصوص مرجعیت شیعه را وارد مرحله نوینی از تاریخ شناخت خود نمود و به آنها درس عزت شجاعت و شهامت داد.کتابهای بیع و متاجر و تحریر الوسیله از آثار گرانقدر او در فقه و کتاب تهذیب الاصول، تقریرات وی در اصول فقه است که کتاب تحریر الوسیله و تهذیب الاصول درسالهای اخیر به عنوان متن اصلی بعضی از درسهای خارج فقه و اصول جاری در حوزه های علمیه، خصوصا حوزه علمیه قم مطرح است. او جامع علوم و فنون اسلامی وزنه بزرگی در فقه و اصول و فلسفه و دیگر علوم اسلامی به شمار می آمد مرجعیت تشیع پس از آیة الله بروجردی علیرغم اصرار عده زیادی از مردم و علما به ایشان واگذار شد، با این حال وی از هرگونه اقدامی که شائبه موقعیت طلبی داشته باشد پرهیز داشت بعد از فوت مرحوم آیة الله بروجردی، امام خمینی مرجع عده زیادی از مردم ایران و بعضی از کشورهای دیگر بود، اما اوج مرجعیت این مرد بزرگ از سالهای تبعید او به خارج از کشور شروع و پس از بازگشت به وطن در طول حدود ده سالی که از کشور خودش(ایران) در قید حیات بود به نهایت درجه صعود رسید مرجعیت امام خمینی منحصر در کشور یا منطعه ای خاص نبود بلکه چه در زمان حیات خود و چه بعد از رحلت ایشان تمام جهان اسلام را فرا گرفت. اکنون نیز که چندین سال از رحلت آن فقیه و مرجع نامی می گذرد هنوز هم بسیاری از مردم جهان و خصوصا ایران با توجه به مساله جواز بقاء بر تقلید از میت، از مقلدین آن مرجع راحل هستند.