آیت‌الله محمدباقر خوانساری به سال 14 محرم سال 1340 هجری قمری و در شهر اراک و در خانواده‌ای جلیل‌القدر به دنیا آمد. پدر ایشان حاج سیدمحمد تقی خوانساری به همراه آیت‌الله‌العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری‌یزدی به قم مهاجرت کرده و جزء علمایی بود که هسته اولیه حوزه علمیه قم را تشکیل داد.
آیت‌الله خوانساری پس از طی دوره ابتدائی در مدارس مرسوم و نیز تعلیم آموزه‌های دینی به رسم آن دوران، در قم به فراگیری دروس حوزوی گردید و در تحصیلات خود را نزد بزرگان حوزه علمیه قم، مانند پدر بزرگوارش، سید‌محمد‌باقر صدر،آیت‌الله‌العظمی بروجردی، علامه طباطبائی و آیت‌الله‌العظمی خمینی گذراند. در همین سال‌ها و در سن 22 سالگی بود که با دختر عموی خود ازدواج کرد و ثمره آن 7 فرزند بود.
این مرجع عالیقدر در سال 1331 شمسی به درجه اجتهاد رسید و برای بهره‌گیری از برکات معنوی مجاورت حرم مطهر امیر المومنین و بهره‌گیری از اساتید آن شهر مقدس راهی نجف شد. ایشان در این شهر به خدمت آیات عظام سیدجمال گلپایگانی، سیدمحمود شاهروید، حمامی، سیدمحسن حکیم و سیدعبدالهادی شیرازی رسید، ایشان همچنین دوره کاملی از درس خارج اصول را نزد آیت‌الله‌العظمی سیدابولالقاسم خوئی گذراند و در جلسه استفتاء ایشان شرکتی فعال و پویا داشت.
ایشان در زمان حضور در نجف و پس از شروع حرکت امام خمینی با احساس مسئولیت شرعی و تاریخی، فعالیت و تحرک جدی خود را شروع و در مقاطع حساس، با تلاش خستگی‌ناپذیر و در پاره‌ای موارد طاقت‌فرسا اقدام به تهیه اعلامه و جمع آوری امضا اعظام از مدرسین و فضلای نجف کرد.
وی پس از بازگشت به ایران به مدت پانزده سال در تهران ماند و در این شهر منشا ثمرات علمی فراوان گردید. خوانساری به تحریر کتاب مدراک العروة الوثقی پرداخت. وی در تهران در مبارزات انقلاب شرکت کرده و امام خمینی(ره) پس از بازگشت به تهران در خصوص ایشان نوشتند: اینجانب به جناب مستطاب سید‌الاعلام و حجت‌الاسلام آقای حاج‌سید‌محمدباقر دامت افاضاته کمال علاقه را دارم و ایشان شایسته برای امر مرقوم هستند. ان شا الله تعالی مومنین از برکات ایشان مستفیض شوند.
ایشان به عنوان امامت و تولیت موقوفات مسجد حضرت امام خمینی تهران(ره) اقدامات زیادی را در خصوص تعمیر و نگهداری این مجموعه به عمل آوردند. ایشان همچنین کمک‌های زیادی به امر احداث مساجد در مناطق مختلف کشور، تامین تجهیزات مورد نیاز بیمارستانی و حمایت مالی از شیعیان لبنان را در کارنامه خود دارند. یکی از اقدامات مهم ایشان در حوزه اجتماعی احداث مدرسه علمیه جدیدی به نام مدرسه خوانساری در سال 91 در قم بود که ظرفیت 260 طلبه دینی را دارد.
تلاش و مجاهدت در جهت علم، مبارزه و عمران در عمر مبارک آیت‌الله خوانساری دیده می‌شود. ایشان نه تنها در علم تلاش تمام داشتند و از بزرگترین اساتید موجود در حوزه تشیع در قم و نجف بهره برده بودند، در راه مبارزه سیاسی نیز فعال بودند و در کنار رهبر فقید انقلاب اسلامی هم در عراق و هم در ایران تلاشی بی‌رقفه داشتند. ایشان علاوه بر حوزه سیاسی در حوزه عمران و ساخت و ساز نیز تلاش تمامی در جهت ساخت مسجد، مدرسه و رفاه مردم داشتند و نمونه آن مدرسه خوانساری است که برای همیشه به یادگار مانده است.
میثم قهوه‌چیان 