آیة الله حیدری با پیروزی انقلاب اسلامی، عده ای را مامور سرکشی و دیدبانی مرز عراق کرد. وی در چند نوبت بازدید از پاسگاههای مرزی وضعیت منطقه و احتمال شروع جنگ را به اطلاع امام رساند و کم کاری و عدم توجه از سوی مسؤولین امنیتی را گزارش داد.
به جرات می توان گفت آیت الله حیدری اولین مجتهدی است که با به صدا در آمدن ناقوس جنگ با لباس رزم قامت بست. وی بی درنگ در ساعات آغازین جنگ و پس از سقوط شهر مهران، فرمان تشکیل خط پدافندی در تنگه «گنجانچم » را صادر کرد و با پوشیدن لباس رزم و فراخوانی مردم، جوانان و عشایر به مسجد جامع با سخنرانی پر شور خویش فرمان بسیج مردمی را صادر کرد. و پس از پایان سخنرانی به همراه جوانان ایلامی به سمت مهران حرکت کرد.
در این هنگام نیروهای ارتش که با خیانت بنی صدر و عدم پشتیبانی او تا منطقه گلان عقب نشینی کرده بودند با آیت الله حیدری و نیروهای مردمی روبه رو شدند. آیت الله حیدری با تهدید نیروها به تشکیل دادگاه صحرایی در صورت عقب نشینی، خط پدافندی را به منطقه گنجانچم یعنی بیست کیلومتر جلوتر از ارتش انتقال دادند. و آنگاه با مامور کردن برخی در جهت ثبت نام و مسلح کردن عشایر، به جبهه حال و هوایی دیگر بخشید که همین جذب نیروهای مردمی بنای آغازین لشکر مقتدری به نام امیرالمؤمنین(ع) گشت که در طول تاریخ دفاع مقدس حماسه هایی درخشان در دفتر مقاومت این مرز و بوم به ثبت رساند.
آیة الله حیدری نخستن کسی است که ستاد جذب و هدایت کمکهای مردمی را شکل داد. او مسؤولیت این امر خطیر را از ساعتهای نخست جنگ تا پایان عمر پر بارش به عهده داشت. در طی سالهای دفاع مقدس و آوارگی مردم در کوه و دشت با تشکیل ستادی مرکزی و تقسیم کردن آن به سه محور، به کمک مردم جنگ زده پرداخت.
در عملیات پیروزمند فتح میمک که نخستین عملیات نیروهای اسلام به شمار می رود و با هماهنگی ارتش و نیروهای عشایری ایلام صورت گرفت.
آیت الله حیدری فرماندهی محوری آن را بر عهده داشت. از این رو می توان او را یکی از پایه گذاران جنگهای چریکی دفاع مقدس بر شمرد.
او در همان آغاز انقلاب بارها می گفت: من بنی صدر را خوب می شناسم و همین شناخت او از بنی صدر وی را بر آن داشت تا زمانی که بنی صدر در راس فرماندهی کل قواست، یک لحظه جبهه جنگ را ترک نکند. حمایتهای مادی و معنوی آیة الله حیدری از رزمندگان اسلام و شرکت او در عملیات فتح المبین، بیت المقدس خاطره عالمان و بزرگانی را زنده می کند که در جنگهای ضد استعماری در طول تاریخ تسبیحشان قطار فشنگ و محرابشان سنگر و آب وضویشان خون رخسارشان بود.
