شیخ بهایی در علم اصول فقه پنج کتاب به رشته تحریر درآورده است:
1- حواشی بر شرح عضدی بر مختصر الاصول.
2- حواشی شرح تهذیب الاصول عمیدی.
3- مختصر اصول فقه به زبان فارسی.
4- زبدة الاصول.
5- حواشی بر زبدة الاصول.
از این میان، زبدة الاصول مهمترین کتاب وی در این زمینه بشمار می آید. این اثر به لحاظ ایجاز و اشتمال آن بر قواعد مهم اصولی و نیز پاسخ گویی به پاره ای از سؤالات در نهایت اختصار و ایجاز نسبت به سایر کتابهایی که در این زمینه نگارش یافته است ممتاز می باشد بگونه ای که عالمان بسیاری بر آن حواشی و شرح نوشته اند. آنگونه که محقق کتاب در مقدمه نیز آورده است 9 حاشیه و 29 شرح بر این کتاب نوشته شده است.
محقق محترم برای تحقیق این اثر از پنج نسخه خطی بهره برده است. ایشان روش تلفیق نسخ را در تحقیق خویش برگزیده و در پانوشتها موارد اختلاف را که دارای اهمیت است یادآور شده است.
استخراج احادیث و آیات و اقوال نیز از جمله مراحل تحقیق وی می باشد او از حاشیه هایی که در نسخ خطی بوده بهره برده و در پانوشت کتاب ذکر نموده است که بیشتر این حواشی مربوط به شخص شیخ بهایی است. وی با علائم متمایز، حواشی دیگران را که دارای اهمیت بوده ضبط نموده است.
فهرستهای پایان کتاب ارزش تحقیقی این اثر را بیشتر نمایان ساخته است این کتاب از یک مقدمه و پنج منهج تشکیل یافته که منهج اول در مقدمات و دارای سه مطلب است و مطالب; خود مشتمل بر فصول و مسائلی می باشد.
منهج دوم در باره ادله شرعی و متشکل از چهار مطلب است.
منهج سوم در مشترکات کتاب و سنت و دارای هفت مطلب است.
چهارمین منهج در اجتهاد و تقلید و دارای چهار فصل است.
منهج پنجم در ترجیهات و دارای 2 فصل است.
این کتاب اخیرا توسط انتشارات مرصاد وابسته به مرکز تحقیقات مدرسه علمیه ولی عصر (عج) چاپ شده است.
