بنای این بقعه با مسجد جمعه چنان مربوط و متصل است که به نظر می‌رسد مقارن یکدیگر یعنی در سال 707 هجری ساخته شده‌اند. محور اصلی بقعه و محراب آن که با محور مسجد نزدیک به 10 درجه انحراف دارد و نیز موقعیت راهرو، مقبره و دهلیز مسجد دلیل دیگری است برآن که هر دو بنا در یک زمان ساخته شده‌اند. گنبد این بقعه هرمی شکل و هشت ضلعی است. براساس لوحه‌ای در بقعه شیخ عبدالصمد، ساخت این بقعه به اسماعیل بنای اصفهانی نسبت داده شده‌است. در راهرو مشترک مسجد و مقبره شیخ عبدالصمد سردر مخصوصی برای خانقاه ساخته شده که کتیبه آجری آن به خط ثلث برجسته به خوبی قابل خواندن است. برضریح چوبی روی آرامگاه شیخ عبدالصمد نیز کتیبه‌ای به خط ثلث به چشم می‌خورد با این مضمون «عمل استاد حسین بن استاد اسماعیل سرشگی النطنزی فی تاریخ نه اربع و سنین و الف سنه 1064 کتیبه عبداللطیف.» و بر لوح سنگی روی قبر شیخ چنین حکاکی شده‌است: «هذا الغفور الرحیم الرحمن اللهم صل علی النبی و الولی و الحسن و الحسین و العباد و الباقر و الصادق و الجعفر و الکاظم الموسی و الرضا و التقی و النقی و العسگری و الحجته القائم محمدالمهدی الغازی صاحب الزمان(عج)» “همت مصروف داشت عصمت پناه صالحه خدیجه سلطان بنت شمس طلا در سنه 1045 و این اثر خیر از او باقی ماند. گفتنی است؛ قسمتی از بالای محراب آرامگاه شیخ عبدالصمد هم اکنون در موزه ویکتوریا و آلبرت لندن نگهداری می‌شود. قسمت‌هایی از این محراب در اواخر قرن گذشته به سرقت رفته بود.
