مسجد ملاحسن در ضلع جنوبی خیابان انقلاب خوی و تقریباً روبروی مسجد قدیمی سیدالشهدا واقع است. این بنا قدیمی‌تر از بنای سیدالشهدا است. مدارک موجود نشان می‌دهد که مسجد در سال 1316 هجری، توسط حاجی‌آقا حسنی فرزند ملاحسن امام جمعه خوی و در زمان قاجاریه ساخته شده است.
ورودی اصلی مسجد بدون حیاط است که با یک هشتی به سالن شبستانی با سه فرش‌انداز و دو ردیف ستون سنگی تراش‌دار، به شکل هشت ضلعی ختم می‌شود. در ضلع شرقی ورودی مسجد مناره آجری نسبتاً عریضی قرار گرفته است که بدنه آن دارای اطاق‌های پنجره‌دار می‌باشد. درِ دیگر مسجد به بازار قدیمی باز می‌شود. تزئین گنبدهای پوششی از نظر کاربرد آجر، فوق‌العاده متنوع و جالب است. در آجرچینی کاسه گنبد و اجرای طرح‌هایی جالب توجه، مانند اشکال لوزی، دایره و گل‌های 18 پر، دقت شگرفی به کار رفته است. هشتی ورودی نیز طاقنماهای رسمی بندکشی شده و گنبدی آجری دارد. مسجد تا ارتفاع حدوداً 80 سانتی‌متر با سنگ و بقیه با آجر ساخته شده است. ستون‌ها نیز سنگی است و چفت و بست آنها به وسیله سیم‌های آهنی انجام گرفته است. محراب مسجد داخل طاق‌های آجری و گودی قرار دارد که دارای حاشیه کاشیکاری جدید می‌باشد. در انتهای حاشیه مذکور تاریخ 1361 هجری قمری دیده می‌شود. موضوع جالب دیگر، وجود نورگیرهایی است که در اطراف دهانه گنبدهای ضلع شمالی شبستان وجود دارد. اطراف هر گنبد سه عدد از این نورگیرها تعبیه شده است.
