یکی از این مکان‌های زیبا و مقدس مسجد میرپنج خامنه است این مسجد در مقابل شهرداری و در کوچه‌ای به همین نام واقع شد. مسجد میرپنج در تاریخ 1284 قمری توسط حسین خان میرپنجه سردار توپخانه مظفر الدین شاه قاجار بنا نهاده شده و در سال 1386 به ثبت آثار ملی ایران رسیده این مسجد تنها مسجد منقش شهرستان شبستر است.
مسجد دارای سه در ورودی بوده که درب شمالی به آرامگاه حسین‌خان باز می‌شود، در شرقی که قبلاً به عمارت حسین‌خان باز می‌شده، امروز به باغ حسین خان و در جنوبی به باغ مسجد گشوده می‌شود.
هنگام ورود به مسجد از در شرقی وارد باغ آن می‌شویم که حدود 2 هزار مترمربع مساحت دارد باز می‌شود. درختان میوه این باغ طراوت خاصی را به محوطه مسجد بخشیده‌اند. در قسمت شمالی باغ، مسجد حسین‌خان واقع شده که ایوان آن به‌سمت در جنوبی نظاره می‌کند این ایوان با نقاشی‌های مربوط به روز عاشورا و نقش و نگارهای اسلیمی زیبا تزیین شده است.
برای ورود به مسجد از قسمت جنوبی آن 6 در وجود دارد که سه در از سمت راست مسجد و سه درب از سمت چپ تعبیه شده است. بنای مسجد خشتی با تیرهای چوبی است.
ترتیب درهای مسجد از سمت راست به این شکل است که در اول به زن نشین مسجد در طبقه دوم، در دوم به چایخانه مسجد و در آخری به صحن اصلی مسجد باز می‌شود.
سه درب سمت چپ نیز از چپ به راست به زن نشین مسجد در طبقه دوم، آشپزخانه مسجد و به صحن اصلی مسجد باز می‌شود.
داخل مسجد 12 ستون چوبی در وسط سقف مسجد را بردوش می‌کشند و در سمت جنوبی مسجد که سمت قبله است محراب کوچکی با گچ بری‌های ساده‌ای قرار گرفته است، در کنار محراب منبر چوبی متعلق به دوران قاجار قرار گرفته در روبه‌روی محراب مسجد تاریخ تاسیس بنا به سال 1284 قمری توسط حسین‌خان میرپنجه برروی تیرهای چوبی سقف نوشته شده است، در داخل مسجد خطاطی‌هایی به کمک دوده مشاهده می‌شود که غالباً نام اهل‌بیت(ع) نوشته شده است.
اما در زاویه مسجد، نقاشی‌هایی از گل‌های زیبا و تصاویری از نماد‌های ایرانی – اسلامی مشاهده می‌شود.
در زن نشین سمت راست مسجد تصویر حسین‌خان و در زن نشین سمت مقابل تصویر آقا محمدخان قاجار کشیده شده است این مسجد در ایام ماه محرم شاهد برگزاری مراسمات عزاداری است.
