بنای مشهور به مسجد جامع نو در پشت گنبد خانه و ایوان مجموعه قرار دارد. راه دسترسی به فضاهای معماری آن از صحن کوچک سراچه است و در جلو بنا صحن وسیعی است که در حال حاضر آجر فرش است در طرفین ورودی مسجد جامع قاب های آجری زیبائی ایجاد شده و به جز همین قابهای تزئینی در نمای بیرونی آن عناصر تزئینی دیگری دیده نمی شود . پوشش ایوان ورودی نیز آراسته به رسمی بندی است.
فضای داخلی مقصوره مشتمل بر شاه نشین هایی است که در بخش فوقانی آن ابتدا پوشش قوسی شکل و سپس گنبد مقصوره ساخته شده است . علاوه بر رسمی بندی زیبائی که پوشش میانی بنا را مزین نموده ، در پوشش سقف شاه نشین ها نیز همان نوع آراستگی تکرار شده است . در بخش فوقاتی هر شاه نشین نورگیری تعبیه شده و بخشی از نور فضای داخلی مقصوره نیز از همین مکام تامین می شود . وجودمقصوره با شکل چلیپا در میان بنا و شبستان های ستوندار طرفین، تعادل معماری منظری را برای مسجد جامع نو به وجود آورده است . رواق شرقی با مسجد عتیق پیوند خورده و به همین دلیل الزاماَ بخشی از آن تخریب شده است . مقارن با آن بناهای مغولی واقع در ضلع شمالی احتمالاَ برچیده شده و دری که جایگزین محراب گنبد خانه بوده ورودی به مسجد جامع نو را فراهم ساخته است.
دیوارهای تکیه صحن ، طاق رواق ها و شبستان های طرفین گنبد مقصوره و تزئینات زیر گنبد نسبتاَ جدید هستند . تنها بخش اصلی مسجد به نظر می رسد گنبد مقصوره باشد . در قسمتی از فضای داخلی تویزه های بزرگی که در گوشه ها یکدیگر را قطع می کنند به صورت فرو رفتگی ایجاد گردیده و در دیوار غربی این بخش از معماری مسجد جامع نو محراب کوچکی وجوددارد که احتمال دارد زمانی تزئیناتی نیز داشته است.
گنبد بنا بر روی چهار قوس بزرگ متقاطع قرار دارد و این قوسها از نظر ساختار خود بر فراز بلندی طاقنما های واقع در اضلاع اتاق جای گرفته اند . استخوان بندی گنبد و ساختار آن از بیرون به طورکامل نمایان است . بین چهار قوس بزرگ چهار ربع گنبد ساخته شده که با قوسهای کوچکتر که از رأس چهار قوس بزرگ برخاسته اند بر گنبد تکیه دارند . وضعیت گنبد واقعی به صورت کم خیز است . همه این ساختار معماری تنها در قشر گچی که از طاق آویزان است ظاهر می شود . هم چنین جلو آمدگی مرکب سلسله قوس طاق کوکبی گنبد را از قوسهای بزرگ جدا می کند . یک چهارم از گنبدهای واقع در زوایا با نیم گنبد بسته می شود و دارای ترکیبی از منشورهای گچی است.
علاوه بر آنها طاقنماهای جانبی به گونه ای است که از بیرون نمایان می باشند اما در داخل به کمک طاق های کوکبی شکل مرکب سراسری از جنس گچ ، پنهان شده اند . گلویی پیش آمده محراب را یک سلسله قوس تشکیل می دهد که هیچ نشانه ای از کاشی معرق و یا تزئینات الحاقی ،در آن مشاهده نمی شود . وضعیت شبستان های مسجد جامع به صورت جنوب شرقی – شمال غربی است که در دو سوی وقصوره چلیپایی شکل یا گنبد خانه ساخته شده است.
این شبستان ها به صورت فضاهایی ستون دار بوده و پوشش سقف آن نیز به شیوه ( چهار ترک ) است که در بین چهار ستون شکل گرفته است . ستون ها هشت وجهی است و ادامه ترک های پوشش شبستان بر روی آنها قرار گرفته و تا بخش تحتانی ادامه می یابد.
هیأت ستون های آجری شبستان نشان می دهد باید دارای استحکام و مقاومت زیادی باشند .گوشه تویزه ها نیز با آجر پوشیده شده است . فضای شبستان فاقد هر گونه عناصر تزئینی است و تنها یک بنای ساده آجری مستحکم است.
بررسی هائی که از سوی دفتر فنی خراسان بر روی این بنا صورت گرفت نشان داد ،در گذشته در دو سوی شرقی و غربی مسجد جامع نو شبستان هایی با دو دهانه پوشش وجود داشته که این دو قسمت حدود هفتاد سال پیش توسط شخصی به نام ( شیخ محمد امین خان ) از اولاد شیخ احمد برچیده شده است.
در گزارش آمده است درخاکبرداری هایی که اخیراَ انجام شده پی های شبستان برچیده شده مسجد نو در سمت شرق این مکان ظاهر شدند و وجود شبستان در این قسمت به اثبات رسید . اخیراَ به همت کارشناسان فنی قسمت های برچیده شده که کاربری رواق را در اضلاع غربی و شرقی صحن داشته است در حال بازسازی است تا طرح و نقشه قبلی آن کامل گردد . در واقع این بنا الحاق با شکوهی به مجموعه است.
به استناد متون تاریخی و شواهد موجود بنای ( مسجد جامع نو) به اهتمام ( جلال الدین فیروزه شاه ) در عهد زمامداری میرزا شاهرخ بن امیر تیمورگورکان در سال 846 ه ق ساخته شده است . بر روی کاشی خشتی فیروزه ای رنگ به ابعاد 25 در 25 سانتی متر که در زیر قوس ایوان شرقی مسجد جامع در پشت دیوار غربی گنبد خانه نصب شده کتیبه ای به قلم زیبای ثلث به رنگ سفید بر زمینه فیروزه ای ، این عبارت دیده می شود . ( عمل العبد الضعیف حاجی زینبن محمود الجامع الشیرازی سنه 846)
درباره ابنیه خیریه ای که جلال الدین فیروزه شاه در تمام زندگانی از خود جای گذاشت در متون تاریخی آمده است:( امیر فیروز شاه ارغون شاه به غایت حمیده حضال و پسندیده افعال بود و از اوایل جوانی تا اواخر اوقات زندگانی اخلاص ملازمت خاقان سغید ( میرزا شاهرخ ) می نمود و بی شائبه و بی تکلف سرانجام مهمات سادات و علماء و مشایخ و فقرا و رعایا و مساکنی واجب و لازم می شناخت و در درون وب یرون دار السلطنه هرات و سایر ممالک و ولایات بقاع خیز از مدارس و مساجد و خوانق و اربطه و حیاض بنیاد نهاده به اتمام رسانید.)
