این زیستگاه به عنوان تنها پارک ملی استان یزد در اردکان، زیستگاه گونههای نادر گیاهی و جانوری است اما متأسفانه این گونههای نادر به دلیل بیتوجهی در معرض تهدید قرار گرفتهاند. بخشی از منطقه حفاظت شده سیاهکوه از سال 1386 به بعد به پارک ملی ارتقاء یافت اما این ارتقا تاکنون نتوانسته آن گونه که شایسته است به حفظ گونههای نادر گیاهی و جانوری آن کمک کند. هماکنون بیش از 78 هکتار از منطقه حفاظت شده سیاهکوه عنوان پارک ملی دریافت کرده است و در حال حاضر به عنوان تنها پارک ملی استان یزد مطرح است. با وجود شرایط نامساعد آب و هوایی و بارندگی اندک حدود 50 میلیمتر در سالهای پرباران، تنوع گونههای گیاهی منطقه شگفتانگیز است. از مهمترین گونههای گیاهی این منطقه منحصر به فرد میتوان به درمنه، قیچ، اسکنبیل، پرند، رمس، شوره، گز، بادام کوهی، کسیدون، بنه، شور سودی، رندوک، بهوه شور، گل قاضی، کلاه میرحسن، دم عقربی و انواع گیاهان فصلی اشاره کرد. گیاهان کلاه میرحسن، دم عقربی و رندوک از جمله گونههای بومی منطقه هستند که هماکنون در فهرست سرخ مؤسسه تحقیقات جنگلها و مراتع قرار دارند. گونههای جانوری این منطقه نیز در نوع خود بینظیر است که از آن جمله در گروه پستانداران منطقه میتوان به کل و بز، قوچ و میش، جبیر، پلنگ، شاه روباه، کاراکال، تشی، خرگوش و انواع جوندگان اشاره کرد. کبک، تیهو، هوبره، زاغ بور، سارگپه پا بلند، باقرقره شکم سیاه، باقرقره گندمی، زنبورخوار معمولی و انواعی از گنجشکسانان از جمله پرندگان پارک ملی میباشند. از خزندگان این منطقه نیز میتوان به سوسمار خار دم ایرانی، آگامای سر وزغی خاکستری، لاکپشت مهمیزدار و انواعی از مارها اشاره کرد.