اول آبان ماه سال 1101 شاه سلطان حسین صفوی تسلیم محمود افغان شد. اصفهان به تصرف کامل مهاجمان افغان درآمد و پایان حکومت صفویه رقم خورد.
در این روز شاه سلطان حسین به شکلی باورناپذیر درماندگی و ناتوانی خویش را با گذاشتن تاج بر سر محمود افغان به اثبات رساند.
او شاهی بود با حرمسرایی که بیش از هزار زن در آن نگهداری میشدند. به گفته مورخان، مشغولیت شاه سلطان حسین در زمان حکومتش این بود که به جای سپهسالاران افرادی چون منجمان، حکیمان و ملایان را به دور خود نشاند تا درباره مسائل بسیار جزئی و پیش پا افتاده به بحث بپردازند.
مثلا در غیر موقع فصل سال، برای شاه خربزه میآوردند. این جماعت تشکیل جلسه میدادند و حکیمباشی بر روی سرد و گرم بودن یا قابض و مسهل بودن آن نظر میداد و منجم هم برای قاچ کردن و خوردن خربزه اسطرلاب میانداخت و مورد ساعت سعد و نحس را مطرح میکرد.
شاه سلطان حسین، پس از سقوط اصفهان و اسارتش، سالها زندانی افغانها بود. در سال 1104 ه. ش خبر رسید که عثمانیها پس از فتح قزوین قصد دارند به اصفهان حرکت کنند و شاه سلطان حسین را دوباره به حکومت برسانند.
اشرف افغان با شنیدن این خبر از اصفهان فرار کرد. اشرف کسانی را فرستاد تا شاه سلطان حسین را به قتل برسانند. اینگونه بود که شاه سلطان حسین در سال 1104 کشته شد و جنازه اش را به شهر قم منتقل کردند.