در 4 مورد از هر 5 مورد ابتلا به مسمومیت غذایی، علت اصلی و دقیق این مشکل هرگز روشن نمی شود. این مسئله جای نگرانی ندارد چون مشکل در بیشتر موارد به خودی خود از بین می رود. با این حال، در مواردی که عامل ابتلا شناسایی شده است، معمولا یکی از این عوامل در بروز مسمومیت غذایی دخیل بوده است.