در تحقق جنبش نرم افزاری، مسأله مهمی که نباید از نظر دور بماند، وحدت حوزه و دانشگاه است. می دانیم که هیچگاه ارتباط منطقی بین حوزه و دانشگاه نبوده است و این امر خواه ناخواه به اعتقاد به جدایی علم و دین خواهد انجامید. در این نوشتار به موانع این وحدت و راهکار ایجاد این وحدت، اشاره خواهد شد.