مسجد النبی با هجرت رسول اکرم(ص) به مدینه در سال اول بنیان گردید که آن را باید نخستین مرکز فرهنگی و تعلیم و تربیت در تاریخ اسلام دانست و اولین معلم زعیم این حوزه شخص شخیص محمد مصطفی پیامبر گرامی(ص) بود زیرا رسول الله(ص) با ادامه وحی در مدینه به ایشان و نزول یک سوره یا یک آیه یا قسمتی از سوره آن را برای خاص و عام مسلمانان در همین مسجد تلاوت می فرمود و به شرح و بیان آیات و تفسیر و تاویل آنها می پرداخت و عده ای با سواد که کتاب وحی نامیده می شدند آنها را به هر صورت و به زحمت می نوشتند حضرت رسول اکرم مسلمانان را به سواد آموزی و تهیه وسائل آن و حفظ و قرائت آیات قرآن و آموختن یاد گرفته ها را به دیگران تشویق می نمود بدین ترتیب حوزه مدینه با تعلمیات معالم قرآن به وسیله اولین معلم این مدرسه آغاز شد و تا حیات رسول گرامی و تربیت صحابه به وسیله ایشان ادامه داشت شاگرد اول این مکتب و رهرو این صراط مستقیم پسر عموی گرامی و داماد پیغمبر خدا حضرت علی ابن ابی طالب بود که شیخ مفید به سند خود تا امام محمد باقر(ع) از ام سلمه نقل می کند که گفت از رسول الله(ص) شنیدم که فرمود «علی و شیعته هم الفائزون » (علی و پیروانش رستگارانند). پس از رحلت حضرت رسول که جامعه اسلامی به دو شاخه امامت و خلافت انشعاب یافت اغلب حواریین خاص پیامبر(ص) مانند عمار یاسر و عبدالله بن مسعود و ابوذر غفاری و جابر انصاری و عبدالله بن عباس و امثال آنها شاخه خلافت را نپذیرفته و مطابق نص وصیت و احادیث غدیر منزلت و ثقلین و غیره به مکتب امامت پیوستند حضرت علی بن ابی طالب و یاران با وفایش مانند سابق روزگار حیات رسول الله (ص) همچنان به تعلیم قرآن و نشر احکام دین و تفسیر آیات الهی و تدریس و تربیت مسلمانان پرداختند و زمان چندانی نگذشته بود که مسجد النبی حوزه بزرگی از علوم دینی و قرآنی به وسیله حضرت علی(ع) و پیروانش گردید.
یکی از فعالان حوزه امامت در مدینه که هر چه در توان داشت برای افشاگری اقدامات و انحرافات خلافت از راه مستقیم رسول اکرم(ص) می کوشید دختر گرامی ایشان فاطمه زهرا سیدة النساء العالمین بود که پنهان و آشکار به مهاجرین و انصار مراجعه می کرد و حقایق قضایا را به آنها تفهیم می نمود فعالت حوزه علمی مدینه به سرپرستی حضرت امیر و حسنین(ع) در تعلیم و تربیت اصحاب و پیروان و هدایت مسلمانان همچنان ادامه داشت.
پس از شهادت حضرت امیر(ع) و مراجعت حسنین(ع) به مدینه حوزه مدینه مسجد النبی فعالیت و شور جدیدی یافته و آنان کرسی تدریس حدیث و احکام دین را در مسجد خودشان به خود اختصاص دادند شیخ طوسی اصحاب حضرت امام حسن مجتبی را تا چهل و یک نفر به شمار آورده است و اصحاب حضرت سید الشهدا ابو عبد الله الحسین(ع) را که بعضی از آنها در کربلا به شهادت رسیدند تا یک هزار نفر نوشته اند و پس از مراجعت حضرت علی بن الحسین امام زین العابدین(ع) از واقعه طف به مدینه(61ق.) طالبان علم و عشاق فضیلت به دور ایشان حلقه زده و از فضائل علمی و اخلاقی و تعلیمات عالیه ایشان بهره ها بردند و اصحاب ایشان را تا 173 نفر ذکر کرده اند پس از ایشان (95ق) کرسی تدریس را در حوزه مدینه به دست گرفتند.
پس از شهادت امام باقر(ع) و رهبری علمی ابو عبد الله جعفر الصادق امام ششم شیعیان(ع) حوزه مدینه یکی از بزرگترین مدارس علمی اسلامی و هم طراز مدارس بزرگ جهان گردید ایندوره که با ضغف بنی امیه و سقوط آنان و شروع خلافت غاصبانه بنی العباس مصادف بود حضرت امام جعفر الصادق(ع) با اغتنام از فرصت حداکثر کوشش را برای بسط احکام الی و علوم قرآنی و نشر علم و حکمت و تربیت شاگردان بسیاری که از قومیت های مختلف بدین حوزه روی آوردند انجام می داد طبرسی در اعلام الوری حوزه تعلیم امام را محل بحث و فحص انواع علوم و فنون حکم نوشته و اصحاب حدیث و شاگردان امام را چهار هزار نفر ذکر کرده است و گفته اند که غالب مؤسسین شاخه های حنبلی و شافعی و مالکی و حنفی از شاگردان مکتب امام بوده اند و شهرت مذهب و فقه و علوم مختلف امامیه به مذاهب جعفری و فقه جعفری و غیره نتیجه تتبع و تفحص و ابتکارات فوق العاده آن امام همام می باشد.
پس از شهادت حضرت امام جعفر صادق(ع) فرزند بزرگوارش ابوالحسن موسی بن جعفر الکاظم ملقب به باب الحوائج رهبری مکتب امامت را به دست گرفته و عده زیادی از اصحاب به امامت ایشان گرویدند.
نقل حدیث و تدریس علوم اسلامی و نشر مکتب اهل بیت(ع) توسط حضرتش در مسجد النبی و منزل ایشان برقرار بود تا این که امام(ع) به دستور خلیفه هارون الرشید به بغداد منتقل و در زندان سندی بن شاهک شهید گردید(183ق.)
پس از شهادت حضرت امام موسی کاظم(ع) فرزند برومندشان امام ابوالحسن علی بن موسی الرضا(ع) به قیادت اصحاب و پیروان امامت پرداخت و کرسی تدریس علوم اسلامی و نقل حدیث و رهبری حوزه مدینه را چه در مسجد النبی و چه در منزل خویش به خود اختصاص داد که تا فوت هارون همچنان با احتیاط و آهستگی عمل می شد ولی پس از آن به علت اختلاف و جنگ فرزندان هارون(امین و مامون) و پیروزی مامون و گرایش به جانب علویان از سیاست سخت گیری عباسیان کاسته شده و رونق حوزه مدینه و فعالیت علمی آن افزون گردید ولی با انتقال حضرت امام علی بن موسی(ع) به خراسان و تحمیل ولایت عهدی از طرف مامون به آن حضرت با لقب (الرضی من آل محمد) حوزه مدینه وضع سابق را از دست داده و آن حوزه به تدریج تا عصر غیبت کبری(329ق.)به بعضی از شهرهای عراق و ایران منتقل گردید.
در طول این دوران مقدس که پرچم حوزه های علمی علوم اسلامی شهر مدینه به دست ائمه بزرگوار شیعه همچنان بر افراشته بود، آثار علمی بسیاری از بزرگان و دانشمندان حوزه مدینه به جای مانده است که هر کدام از این آثار با ارزش در واقع چراغهای هدایت و ابزار نجات بشر به سوی مسیر حق و حقیقت بوده و هستند.
بخش مهمی از این آثار به عصر ائمه طاهرین علیهم السلام مربوط می شود که مهمترین آنها را به اختصار ذکر می کنیم: 1 - مصحف حضرت فاطمه سلام الله علیها که این کتاب از ودایع امامت است که نزد ائمه معصومین علیهم السلام بوده است از نظر حجم سه برابر قرآن بوده و حاوی مطالب مهم و زیادی بوده تا حدی که حضرت امام صادق(ع) می فرماید مطالب این کتاب مردم را به ما محتاج و ما را از مردم بی نیاز می کند.
در این کتاب احکام شرعیه به تفصیل بیان گردیده و احکام مجازاتهای اسلامی و حوادث مهم روزگار و جهان آفرینش و اسامی پادشاهان و حکام آینده و مطالب با اهمت دیگری ذکر شده است.
2 - جمع آوری و نگارش قرآن که توسط امیرالمومنین علی علیه السلام انجام گرفت این امر از خدمات مهم و ارزشمند آن حضرت نسبت به قرآن کریم و مسلمانان به حساب می آید.
3 - تفسیر امیرالمومنین علی(ع) که نخستین اثر در تفسیر قرآن کریم و حاوی شصت نوع از انواع علوم قرآنی است.
4 - نهج البلاغه که شامل خطبه ها نامه ها و حکمت های پند آمیز علی علیه السلام است که به واسطه شریف رضی جمع آوری گردیده است این کتاب قطراتی از دریای دانش امیرالمؤمنین بوده است که از افتخارات و نشانه های حوزه علمیه مدینه است به نحوی که اگر ما هیچ نشانه ای از حوزه علمیه آن دوره نداشتیم جز نهج البلاغه و علومی که در ضمن خطبه ها و نامه ها و پندهای حکمت آمیز این کتاب عظیم الشان بیان شده است همین مقدار کافی بود که پرده جهل و تاریکی را از صورت جهان علمی امروز برداریم.
5 - صحیفه سجادیه که به انجیل اهل بیت و یا زبور آل محمد معروف است و حاوی دعاها و مناجاتهای امام سجاد علیه السلام است در صحیفه سجادیه یک جهان بینی توحیدی عرضه شده است که جهان را از نظر مبدا و منتهی و نیز چگونگی تدبیر و اداره امور مورد بررسی قرار داده و نظم و حساب بر آن را معرفی نموده است. مباحث گوناگون خداشناسی نبوت امامت و معاد معارف و حقایقی است که در قالب دعا در این کتاب عرضه شده است این کتاب و مضامین آن در واقع روش ابداعی امام سجاد علیه السلام برای نشر و تعلیم حقایق دینی و فرهنگ غنی شیعه در جو خفقان و استبدادی و سیاه اموی است.
6 - رساله الحقوق امام سجاد علیه السلام حقوق مختلف خدا بر انسان را تشریح می کند و از این طریق مطالب شگفت آفرین و حیاتی را در اختیار جامعه اسلامی و انسانی می گذارد در این رساله مفصل حقوق خدا بر انسان حقوق انسان بر خودش حقوق اعضا و جوارح انسان مثل گوش - چشم - زبان - پا -دست - شکم - و آلت تناسلی - نیز حقوق افعال انسان مثل نماز، روزه، صدقه، قربانی، و نیز حقوق انسانهایی که در زمینه سیاست، علم، تملک، پیشوایی و ... حق تقدم دارند و نیز حقوق زیردستان و همچنین حقوق پدر و مادر، فرزند و برادر، نیکی کنندگان،مؤذن، امام جماعت ، همنشین ، شریک، طلبکار، معاشر، دوست، دشمن، طرف مشورت و نصیحت، بزرگتر، کوچکتر، سائل مسؤول و حق عموم ملت و کفار ذمی و .... بیان شده است که همه اینها ذخیره ای برای پژوهشگران بحث های اخلاق و حقوق و سرمشقی برای سیرکنندگان در راه تکامل انسانی و سند افتخاری برای شیعه در برابر دیگران است.
7 - تفسیر منسوب به امام باقر علیه السلام
8 - تفسیر منسوب به امام صادق علیه السلام
9 - رساله های مختلف منسوب به امام صادق علیه السلام که موارد زیر از آن جمله است: الف - رساله معروف به رساله عبد الله بن نجاشی ب - رساله منقول از اعمش که در خصال صدوق نقل شده است ج - رساله ای به اصحاب رای و قیاس د - رساله ای در غنائم و وجوب خمس که در تحف العقول آمده است. ه - مجموعه رسائل امام در محبت اهل بیت و توحید ایمان و کفر فسق و عبادات و معاصی و - رساله آن حضرت در علوم توحید که توسط جابر بن حیان روایت شده است ز - وصایای آن حضرت به عبد الله بن جندب و به ابی جعفر محمد بن نعمان ح - کتاب نثر الدرر.
10 - رساله ای از امام کاظم علیه السلام درباره عقل و فضیلت و آثار و برکات آن
11 - وصایای امام کاظم علیه السلام به هشام بن حکم که در تحف العقول روایت شده است.
12 - رسالة الذهبیه از امام رضا علیه السلام که در علم طب نوشته شده و به طب الرضا معروف است در این رساله بخش های گوناگون دانش طب مثل تشریح وظایف اعضا، شناخت امراض، پیشگیری از بیماری ها، غذاشناسی، و ... مطرح گردیده است
امام این کتاب را در پاسخ مامون وعده ای از اهل علم طب و فلسفه که ادعای تخصص در این رشته را می کردند نگاشته است مطالب آن به قدری مامون را شگفت زده کرد که دستور داد تا آنرا با آب طلا بنویسند و در خزانة الحکمة به عنوان ذخیره بزرگ علمی قرار دهندشرح های زیادی بر این کتاب نوشته شده است که خود دلیل توجه دانشمندان دوره های مختلف تاریخ به این اثر ارزشمند است.
13 - صحیفه الرضا کتابی است در فقه که به نامهای مستند الرضا فقه الرضا صحیفه اهل البیت و یا رضویات هم شناخته می شود.
14 - مناظره های علمی امام جواد علیه السلام با دانشمندان مخالف از جمله یحیی بن اکثم که در کتب تاریخی و روایی بت شده است. و همینطور دیگر مباحث علمی ایشان و جلسات پرسش و پاسخی که برای گروههای علمی مختلفی توسط ایشان برقرار می شد.
15 - رساله جبر و تفویض امام هادی علیه السلام که به طور مفصل در رد اهل جبر و تفویض و در تفسیر نظریه شیعه نگاشته شده است
16 - زیارت جامعه کبیره امام هادی علیه السلام که در واقع کتاب امام شناسی و وسیله تقرب و ابزار پرواز به سوی عالم معنی است این زیارت یکی از ذخائر ارزشمند و یکی از سرمایه های گرانقدر در فرهنگ تشیع می باشد علامه مجلسی آنرا بهترین زیارت از جهت متن و سند و فصاحت و بلاغت دانسته است.
17 - تفسیر منسوب به امام حسن عسکری علیه السلام که حضرت مطالب آنرا در مدت هفت سال به تدریج به دو نفر از شیعیان علاقه مند و دوستدار علم تعلیم نمودند
18 - رساله المنقبه منسوب به امام حسن عسکری علیه السلام که به شرح و تفصیل مباحث مربوط به حلال و حرام می پردازد.
علاوه بر اینها حوزه علمیه مدینه در عصر امامت و دانشمندان آن پیشگام در تدوین نخستین علوم قرآنی و اسلامی و فقهی و کلامی و غیر آن بوده است.
بیشتر این آثار به دست اساتید و شاگردان این حوزه در سایه راهنمایی های علی علیه السلام تنظیم شده است، چنانچه نخستین تفسیر قرآنی و اولین اثر فقهی، و اولین اثر نحوی و نخستین رساله مسائل حلال و حرام و غیر از اینها به واسطه خود آنها و یا اصحاب آنان مثل ابورافع صحابی، ابوالاسود دئلی و هشام بن حکم تالیف گردیده است.