مذهب پروتستان نیز به نوبه خود، بر اساس افکار و عقاید رهبران خود، مانند لوتر و کالوین و به مرور زمان، دچار انشعابهایی گردید. این انشعابها عبارتند از: 
1. کلیسای لوتری یا انجیلی. 
2. کلیسای کالونی یا اصلاح شده. 
3. کلیسای انگلیکنها که ابتدا انشعابی از کلیسای کاتولیک بود و سپس انشعابی از پروتستان گردید. 
4. کلیسای آناباتیسم. 
بد نیست بدانیم که در مسیحت, عنوان هر فرقه و مذهب, با عنوان کلیسای آن مشخص میشود؛ به عنوان مثال، فرقة لوتری, با عنوان کلیسای لوتری شناخته می شود. 
امروزه از بین فرقههای چهارگانة فوق, دو فرقة لوتری و کالونی، دارای پیروان بیشتری هستند و عمدهترین فرقههای پروتستان محسوب میشوند. 
فرقة لوتری در آلمان, نروژ, سوئد, دانمارک و فنلاند و فرقة کالونی در انگلستان, فرانسه, سوئیس و مجارستان، از پیروان بیشتری برخوردارند.