مذهب پروتستان نیز به نوبه خود، بر اساس افکار و عقاید رهبران خود، مانند لوتر و کالوین و به مرور زمان، دچار انشعابهایی گردید. این انشعابها عبارتند از:
1. کلیسای لوتری یا انجیلی.
2. کلیسای کالونی یا اصلاح شده.
3. کلیسای انگلیکنها که ابتدا انشعابی از کلیسای کاتولیک بود و سپس انشعابی از پروتستان گردید.
4. کلیسای آناباتیسم.
بد نیست بدانیم که در مسیحت, عنوان هر فرقه و مذهب, با عنوان کلیسای آن مشخص میشود؛ به عنوان مثال، فرقة لوتری, با عنوان کلیسای لوتری شناخته می شود.
امروزه از بین فرقههای چهارگانة فوق, دو فرقة لوتری و کالونی، دارای پیروان بیشتری هستند و عمدهترین فرقههای پروتستان محسوب میشوند.
فرقة لوتری در آلمان, نروژ, سوئد, دانمارک و فنلاند و فرقة کالونی در انگلستان, فرانسه, سوئیس و مجارستان، از پیروان بیشتری برخوردارند.