کویر بافق در فرو رفتگی مشرق یزد که در واقع فرو رفتگی اصلی کویر یزد می باشد قرار گرفته است .رودخانه های اصلی این کویر به بخش جنوبی وارد شده و مخروط افکنه های حاشیه ای و معمولا سفید رنگ اطراف این کویر نشان دهنده شوری قابل توجه زمینهای اطراف این کویر می باشد . طول کویر بافق در حدود 75 کیلومتر و عرض آن در حدود 20 کیلومتر بوده و مساحت آن در حدود 750 کیلومتر مربع می باشد . 60% از آن را زمینهای رسی و 40% از آن را نمکزار وسیعی پوشانده است .زمینهای رسی بخش جنوبی و شمال غربی این کویر را پوشانده اند . رودخانه های جنوبی باعث تراکم زیاد گیاهان شور زیست در قسمت جنوبی این کویر شده اند , در حالی که در قسمتهای شمالی و یا نزدیک سطح نمکزار به علت افزایش شوری زمین گیاهی مشاهده نمی شود .
نمکزاری در قسمت شمالی کویر قرار گرفته که تقریبا تمام عرض کویر را از شرق به غرب قطع می کند . سطح این نمکزار را لکه های متحد المرکزی همراه با حوزه های کوچک باتلاقی می پوشاند که در بعضی نقاط به وسیله نمک تازه پوشیده شده است . با توجه به اینکه لبه های این قشر نمکی بطور موضعی شکسته و یا اینکه به طرف بالا برگشته , می توان تصور نمود که نمکزار فعلی بر روی سطح آب فوق العاده کم عمقی شناور بوده و یا بر روی لجن اشباع شده ای بستر گرفته است . به دلیل وجود رطوبت در زیر قشر نمکی , رانندگی بر روی این کویر بشدت خطرناک و در بعضی قسمتها غیر ممکن است .
راه های ورود به منطقه :
مسیر یزد به بافق از قسمت جنوبی این کویر عبور می کند
مسیر دیگر مسیر آسفالته بافق به حسن آباد است که پس از حسن آباد مسیر خاکی می شود و به خرانق منتهی می گردد . این مسیر از حاشیه شرقی کویر عبور می کند.
