عبد الله بن جعفر پیشنهاد عزل قیس را به علی (ع) ارائه داد.نامه قیس نیز که متضمن شرح حال مردم خربتا و خودداری وی از جنگ با ایشان بود به دست علی (ع) رسید.عبد الله بن جعفر گفت: می ترسم قیس با آنان همدست باشد.به قیس فرمان بده تا با مردم خربتا بجنگد».علی (ع) به قیس فرمان داد که به جنگ اهالی خربتا برود.قیس به آن حضرت پاسخ داد: از این فرمان تو در شگفتم.اینان قومی اند که دست از یاری تو کشیده اند و آهنگ دشمن تو را دارند و هرگاه بر آنان خشم گیریم آنان با دشمن تو، بر ضدت، همدست می شوند.پس ای امیر مؤمنان نظر مرا بپذیر و از ایشان دست بازدار.بهترین کار رها کردن ایشان است.ابن جعفر گفت: ای امیر مؤمنان!محمد بن ابو بکر را بر ولایت مصر بگمار و قیس را از آن منصب بر کنار کن.به من خبر داده اند که قیس می گوید: حکومت راست در نمی آید مگر با گشتن مسلمة بن مخلد.ابن جعفر از جانب مادر، برادر محمد بن ابو بکر بود و مادر آنان اسماء بنت عمیس نام داشت.علی (ع) نیز قیس را از کومت برکنار و محمد بن ابو بکر را جای وی به آن دیار روانه کرد.قیس از این عمل خشمگین شد و به مدینه رفت.حسان بن ثابت که هواخواه عثمان بود، با دیدن قیس وی را ملامت و توبیخ کرد و به او گفت: تو عثمان را کشتی و حال آنکه علی تو را از ولایت مصر برکنار کرد و خون عثمان همچنان بر گردن تو باقی ماند و او از رنجهای تو به خوبی سپاسگزاری نکرد.قیس به او پاسخ داد: ای کور دیده و دل!به خدا قسم اگر میان قوم من و قوم تو جنگی برپا می شد گردنت را به شمشیر می زدم.گم شو.سپس قیس و سهل بن حنیف به جانب علی (ع) رفتند و در رکاب آن حضرت در جنگ صفین، حضور یافتند.امیر مؤمنان (ع) همراه محمد بن ابو بکر، نامه ای برای مصریان نوشت و در آن محمد و نیز مصریان را مورد خطاب قرار داد.این نامه، نوشته ای است طولانی و بسیار گرانبها که شامل سفارشهای ارزشمند و آداب بس گرانقدر است.ابراهیم می نویسد: محمد بن ابو بکر همواره در این نامه می نگریست و به آداب آن متادب می شد.چون عمرو بن عاص، محمد را به قتل رساند آن نامه را به نزد معاویه فرستاد معاویه در آن نامه می نگریست و در شگفت می شد.ولید بن عقبه به او گفت: فرمان بده تا این سخنان را بسوزانند.معاویه گفت: هرگز چنین نمی کنم.ولید گفت: آیا این درست است که مردم بدانند سخنان علی (ع) نزد تو باقی مانده و تو آنها را می آموزی؟!معاویه گفت: وای بر تو!آیا دانشی اینچنین را به آتش بکشم.به خدای سوگند دانشی جامع تر و حکیمانه تر از این نشنیده ام.ولید به وی گفت: اگر تو از دانش و داوری علی (ع) در شگفت می شوی پس از چه رو با وی به جنگ برمی خیزی؟سپس به حاضران در مجلس گفت: ما نمی گوییم که این نامه از علی بن ابیطالب است بلکه می گوییم آن از جمله نوشته های ابو بکر است که در نزد فرزندش باقی گذارده!
این نامه همواره در خزائن بنی امیه موجود بود تا زمانی که عمر بن عبد العزیز متولی حکومت شد و هم او بود که اعلام کرد این نوشته از سخنان و احادیث علی بن ابیطالب (ع) است.
محمد بن ابو بکر به معتزلان (کناره گیران) پیغام داد که به اطاعت ما درآیید و یا آنکه از قلمرو ما بیرون روید.آنان پاسخ دادند: ما چنین نکنیم و خواستار مهلت شدند. محمد بن ابو بکر از دادن مهلت به ایشان خودداری کرد آنان نیز از پذیرش پیشنهاد محمد امتناع ورزیدند.چون واقعه صفین رخ داد آنان از محمد می گریختند و وقتی علی (ع) از جنگ با معاویه بازگشت و کار جنگ به حکمیت واگذار شد آنان در فریفتن محمد طمع کردند. محمد نیز، محمد بن حارث جعفی را به سوی ایشان فرستاد، محمد بن حارث با ایشان نبرد کرد.آنان نیز به رویارویی وی درآمدند و او را از پای درآوردند.پس از کشته شدن محمد بن حارث، فرد دیگری از جانب محمد بن ابو بکر مامور جنگ با معتزلان شد که او هم به قتل رسید.
