سید شریف، مرتضی علم الهدی که در علوم اسلامی سرآمد همعصران خود بود، میان سالهای 413 تا 436 ق، مرجع تقلید شیعان گردید.
در عظمت و بزرگی او همین بس که استادش شیخ مفید آنچنان به او عنیات داشت که پس از خود سید را جانشین خود قرار داد. همچنین به خاطر تجلیل از مقام علمی او و به منظور تربیت وی جهت جایگزینی و زعامت و مرجعیت شیعه، گاهی شیخ مفید همچون شاگردی در محضر سید مرتضی می نشست. (روضات الجنات، ص 377)
هنوز شیخ مفید در قید حیات بود که سید مرتضی جایگزین او شد و شخصا کرسی تدریس را عهده دار گردید و عامت شیعه را در اختیار گرفت. دانشجویان زیادی در مجلس درس او شرکت می جستند و از بیانات پربار و دلنشین او استفاده می کردند.
سید مرتضی شیوه استادش را در تکمیل مباحث فقهی و اجتهادی دنبال کرد و نیز توفیق یافت در زمینه های علمی، نظریه های فقهی و اجتهادی او را تکامل بخشد.
همچنین او ابوابی در مسائل اصول گشود، به گونه ای که هر کس کتاب الذریعة الی علم الاصول وی را مورد بررسی قرار دهد این نظر را تصدیق خواهد کرد. سید محسن امین حدود 90 جلد از مؤلفات او را در اعیان الشیعه نام برده است.
