آیت الله مصطفی خمینی که از آغاز نهضت همواره از حامیان آن بود، به دنبال تبعید امام خمینی، مبارزه ای را که بر ضد رژیم شاه آغاز شده بود، تداوم می بخشید. در این دوران وی برای رهبری نهضت چون مشاوری امین و معاونی پرتلاش بود و دامنه ی مبارزات را تا در سرتاسر جهان پرتو می گسترد.
یکی از منابع ساواک جایگاه او را در مبارزات سیاسی امام خمینی چنین تشریح می کند: «خمینی که درحال حاضر طرفدارانش تشکیلاتی مانند تشکیلات احزاب به وجود آورده اند که این تشکیلات قسمت های مختلف من جمله قسمت اطلاعاتی، تبلیغاتی، مالی و غیره دارد و کلیه فعالیت ها و نقشه های اساسی ویژه بدون استثناء تحت نظر و سرپرستی شخص خمینی بوده و طرح ها نیز وسیله وی تهیه و پیاده می شود و در این راه صرفاً مصطفی پسر بزرگ وی مسئول اجرای کارهای وی بوده...».
حاج آقا مصطفی «با کانون های مبارزه در ایران و دیگر جاها مرتبط بود، آنها هم به واسطه ایشان با امام ارتباط داشتند. تمام گروه ها، اعم از اسلامی یا غیراسلامی که در مبارزه با شاه خود را همراه و همگام امام می دانستند، هرگونه ارتباطی که می خواستند با امام داشته باشند محور ارتباطشان [آقا مصطفی] بود. آنها مطالب شان را به ایشان منتقل می کردند ایشان هم به امام منتقل می نمودند».
گرچه بیت حضرت امام به عنوان یک مرجع تقلید هیچ گاه نمی توانسته بسان یک حزب دارای تشکیلات باشد، امّا نظم و سنت در بیت امام با هم جمع شده بود تا جایی که گزارشگر ساواک در گزارشی دیگر می گوید: «مصطفی خمینی که سرپرستی قسمت اجرایی تشکیلات خمینی را به عهده دارد. در ضمن مسئولیت ارتباطات خارج از عراق نیز به عهده وی بوده و با سفرهایی که انجام می دهد به فعالیت خارج نظارت می نماید».
یکی از این کانون های مبارزان ایرانی لبنان بود. هاشمی رفسنجانی در این باره می گوید: «انقلاب محصور و تحت فشار بود و حمایت از مبارزان وظیفه ای جدّی. امّا شرایطی پیش آمده بود که در لبنان به طور کافی، حمایت نمی شدند. شاید مشکلاتی هم برایشان ایجاد می شد. به نظر ما کلید حل این مشکل در ایجاد تفاهم با آقای صدر بود. راه حل آن هم در نجف قرار داشت. در صحبت هایی که با حاج آقا مصطفی انجام شد این راه را انتخاب کردیم بر این اساس به لبنان برگشتم و تفاهمی (هرچند سطحی) بین نیروهای مبارز خودمان و مجلس اعلی به وجود آوردیم». آیت الله سیدمصطفی خمینی برای تحکیم این وحدت در سال 56 به بیروت مسافرت کرد و مورد استقبال گرم و صمیمانه ی سیدموسی صدر قرار گرفت.»
آیت الله سیدمصطفی دوبار به حج مشرف شد. از آنجایی که ساواک ایشان را فرد خطرناکی برای رژیم می دانست به محض اینکه از تصمیم تشرف به حج ایشان باخبر شدند، ساواک به نیروهای خود در عربستان اعلام کرد که: «با توجه به اینکه امکان دارد در کشور مزبور مبادرت به فعالیت هایی علیه مصالح کشور شاهنشاهی بنماید... اعمال و رفتار شخص مورد بحث و همراهان وی را به نحو مقتضی تحت نظر قرار داده...».
آیت الله سیدمصطفی در مکه با روحانیون مبارز مذاکرات لازم را به عمل می آوردند و تصمیماتی را برای ایام محرم می گیرند. منابع ساواک بلافاصله گزارش کردند که «...بعضی از ایرانیانی که طرفدار خمینی هستند درصددند در مراسم حج از فرصت استفاده کرده با وی ملاقات نمایند.»
از جمله روحانیونی که با وی تماس می گیرند آقا مجدالدین محلاتی آقازاده، آیت الله شیخ بهاءالدین محلاتی و آیت الله مشکینی و حجت الاسلام شیخ علی اصغر مروارید می باشند که ساواک دستور دستگیری آنها را به محض ورود صادر می نماید.
از خارج عراق، از لندن، پاریس یا از جاهای دیگر هم که مخالفان یا موافقان برای دیدار و صحبت با حضرت امام می آمدند. معمولاً فقط با حاج آقا مصطفی صحبت می کردند.. . مدار امور سیاسی حاج آقا مصطفی بود. هرگاه اختلاف نظر موجب سستی مبارزین می شد، به دور وجود او جمع می شدند و آنها را به وحدت فرامی خواند و می فرمود: «هدف شما یکی است همه ما یک راه را انتخاب کرده ایم امّا در جزئیات اختلاف نظر وجود دارد و این به اصل هدف ضرری نمی رساند. ما باید این اختلاف ها را در بین خودمان حل کنیم تا این جزئیات موجب نشود که اختلاف اصولی با هم پیدا نماییم».
قطب زاده یکی از مبارزین خارج از کشور بود که با حاج آقا مصطفی مراوده داشت، امّا هنگامی که آقا مصطفی دریافت که او به نماز کم اهمیت است با او قطع رابطه کردند. آقای محتشمی علت دیگری هم برای قطع رابطه ذکر می کند: «هزینه کردن بی رویه بیت المال و اموالی که برای مبارزه، مردم به خارج می فرستادند، آقای قطب زاده با این پول ها...دائماً به این طرف و آن طرف می رفت و بهترین هتل های بغداد، بیروت و سوریه و اروپا را اجاره می کرد».
آقای سیدموسی اصفهانی نوه مرحوم آیت الله حاج سیدابوالحسن اصفهانی یکی از افرادی بود که به ظاهر با رژیم شاه مبارزه می کرد. لذا حاج آقا مصطفی کمک هایی به وی می کرد امّا همین که معلوم شد وی قصد دیگری از مبارزه دارد و بیشتر دنبال بهره برداری شخصی است او را طرد کرد.
تیمور بختیار رئیس ساواک به دلیل جاه طلبی متواری شد و در عراق پایگاهی نظامی به وجود آورد تا رژیم ایران را سرنگون کند. وی تلاش کرد تا با حاج آقا مصطفی ارتباط برقرار کند و از نفوذ مردمی امام برای خود سود ببرد، امّا وی هیچ گاه حاضر به پذیرش بختیار نشد.
وی در مورد مبارزین منحرف معتقد بود که «اینها آدم های فاسدی هستند، اینها از مسلمین نیستند، اینها خودشان برای اسلام از کافر بی دین بدتر هستند؛ چون اینها به نام اسلام می خواهند اسلام را از بین ببرند.»
او با روحانی نمایان نیز برخوردی نامهربانانه داشت. آقای نوغانی یکی از روحانیون وابسته به رژیم شاه بود و در منبر به رژیم دعا می کرد. او همراه با یکی از آیت الله زاده ها که شهرت خوبی نداشت برای دیدار حضرت امام وارد بیت او می شوند حاج آقا مصطفی به مسئول ملاقات ها با صدای بلند می گوید:
«آقای رضوانی! مبادا اینها را بفرستی داخل، حیا نمی کنند چرا آمده اند اینجا؟»
وی در مورد کمک به طلبه ها معتقد بود طلبه های انقلابی اولویت دارند در این باره می فرمود: معیار ما فقط طلبگی و خواندن فقه و اصول نیست، بلکه معیار ما هدفی است که آن طلبه باید لااقل آن هدف را تأیید کند.
حاج آقا مصطفی علاوه بر اینکه همواره در تلاش بود تا اندیشه های سیاسی امام را به اجرا درآورد، خود نیز اندیشمندی بود که دارای نظریات برجسته سیاسی اسلامی بود.
او معتقد بود که: «باید مرجعیت از حالت انفرادی به شورایی تبدیل شود و برای حل و فصل مسائل دینی یک شورای فتوایی تشکیل گردد. امّا در مورد رهبری معتقد بود که رهبری سیاسی باید به عهده یک فرد قاطع باشد که پس از مشاوره چون فرماندهی نظامی فرمان صادر کنند و همگان اطاعت کنند».
او معتقد بود برای رسیدن به هدف باید «با تحزب، تشکل و ایجاد کتابخانه ها و انجمن های ریز و درشت و محفل های بزرگ و کوچک ممکن است یک شبکه ی سرتاسری ساخت و یک جوش و خروش سروسامان دار به راه انداخت». او تنها راه را برای رسیدن به هدف، ایجاد یک «حکومت عادلانه» می دانست و معتقد بود که تشکیل چنین حکومتی «به خواست خداوند بسیار نزدیک» است. امّا رسیدن به چنین حکومتی «هیچ ملتی با سستی و خوش گذرانی و تن پروری به آینده ی نوین نرسیده و نمی بایست انتظار آن را داشت».
لذا در اولین گام های خود برای تحقق انقلاب «با راهنمایی ایشان روحانیون مبارز خارج از کشور تشکل پیدا کردند.»
جایگاه سیاسی آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی برای رژیم شاه مشخص بود لذا بعد از دستگیری دوم حضرت امام، اولین شخصی را که دستگیر کردند وی بود و سپس برای همیشه او را به تبعید فرستادند و در طول تبعید برای تخریب وی از هیچ تهمت و شایعه ای کوتاهی نکردند. سرانجام رژیم با این ترفندها نتوانست جلو محبوبیت حاج آقا مصطفی را بگیرد و خبر رحلت او شراره ای در جان مؤمنان افکند که در سرتاسر ایران آتشی به پا شد که رژیم 2500 ساله را در کام خود محو کرد.
