از میان 3 میلیون نسخه خطی در خصوص تمدن اسلامی، مصر دارای 130 هزار نسخه خطی است که 42164 نسخه آن در غالب 24 هزار مجلد در کتابخانه الازهر موجود است. این نسخ از دوران فاطمیان تا اواخر قرن نوزدهم میلادی را شامل می شود و در برگیرنده گنجینه ای درباره قرآن، تفسیر قرآن، علوم قرآنی، حدیث، علوم فقه، ادبیات، تاریخ، و... می باشد.
کتابخانه الازهر را العزیز باللّه خلیفه فاطمیان در سال 991 م بنانهادو صدها قرآن و کتاب به این کتابخانه منتقل شد. خلیفه بعدی فاطمی الحاکم بامر اللّه کتابهای کتابخانه «دارالعلم» را هم به کتابخانه الازهر افزود. کتابخانه یاد شده را پدرش العزیز باللّه تأسیس کرده بود. در زمان ایوبیان حدود 400 کتاب به کتابخانه الازهر اضافه شد ولی این کتابخانه در دوران ممالیک مورد عنایت ویژه ای قرار گرفت و کتابهای آن بسیار افزایش یافت. با اشغال مصر در سال 1799 م توسط فرانسویان بسیاری از نسخ خطی به تاراج رفت و به پاریس برده شد. سرانجام در سال 1882 م و بعد از اشغال مصر توسط بریتانیا، محمد عبده مفتی مصر تصمیم به تاسیس کتابخانه جامعی برای الازهر گرفت. در سال 1897 م این پروژه به اجرا درآمد و کتب و نسخ خطی به مکان جدید آورده شدند. کتابخانه جدید التاسیس محمد عبده در واقع از 6 مکان جداگانه در داخل مسجد جامع الازهر تشکیل می شد که عبارت بودند از: المدرسة الاقبغاویة، المدرسة الطیبرسیة، الرواق العباسی، الرواق الاتراک، الرواق المغاربة، الرواق الشوام.
متاسفانه این مجموعه عظیم بدون فهرست و در معرض آسیب و از بین رفتن بوده است. الازهر برای نجات این آثار در سال 1977 م با «مرکز المعلومات و الدعم» برای تصنیف و فهرست نویسی آن و جلوگیری از هرگونه آسیبی و نیز ارائه آن از طریق شبکه اینترنت جهت استفاده پژوهشگران قرارداد منعقد کرده است.
