رودخانه کرج یکی از پرآب‌ترین رودخانه‌های دامنه جنوبی البرز است که در حدّفاصل بیلقان تا دیزین واقع شده است. این رودخانه که 75 کیلومتر طول دارد، از کوه کلون بستک در ارتفاعات خرسنگ سرچشمه می‌گیرد و در تمام طول مسیر خود از شیب تند دره‌ها و صخره‌ها عبور می‌کند و در نهایت به دریاچه نمک واقع در نزدیکی شهر قم می‌ریزد.
رودخانه کرج از 8 تا 15 متر عرض و 1 الی 2 متر عمق دارد. دِبی متوسط آب این رودخانه 17 مترمکعب در ثانیه است که این مقدار در تابستان و پاییز کمتر و در زمستان و اوایل بهار بیشتر می‌شود.
مهم‌ترین سرشاخه‌های این رودخانه خروشان عبارتند از کندر، کندرآب، دره نمرک- کلنا، دره انگلج (وینه)، دره نوجان، رشک بهشت، شاه دزد، خور، سیجان، چاران، سرزیارت، گوراب، ارنگه، هفت چشمه، آدران- دوران، خوزنکلا، اویزر، نشتارود- کلها، واریان، قصردره (رزکان)، مورود، وصال دره، شلنک، سرک، لانیز، شهرستانک، کلارود- گشتادر- کسیل، گرماب، آزادبر- آسیاب درگاه، سرنساء، ولایترود- دیزین، پی کنار، شیرکمر- سوتک و وارنگه رود.
از مهم‌ترین چشمه‌های تغذیه‌کننده رودخانه حفاظت شده کرج نیز می‌توان به چشمه‌های سوتک، سفید سوتک، شیرکمر، سیکنو، کریم چال- وارنگه رود، نمرک، جیان- کندر، قل قل چشمه سرزیارت، شاهی خور، هفت چشمه، چشمه دره، قصر ناصرالدین شاه- شهرستانک، دره بصال- شهرستانک، بیدار چشمه باغستان و پی کنار اشاره نمود.
رودخانه کرج تأمین‌کننده آب آشامیدنی تهران، آب کشاورزی مناطق همجوار و منبع تأمین برق کشور است. این رودخانه در گذشته تمامی باغ‌های شهر کرج و منطقه ییلاقی سرحدآباد و شهریار و ساوجبلاغ را آبیاری می‌نمود ولی در چند سال اخیر به دلیل رشد بی‌رویه مصرف آب در کلانشهر تهران، بخش عمده آب این رودخانه برای مصرف آشامیدنی به تهران منتقل می‌شود در نتیجه سهم آب باغ‌های استان البرز از این رودخانه بسیار کاهش یافته است.
در سال 1342 خورشیدی سد امیرکبیر به عنوان اولین سد چندمنظوره ایران بر روی این رودخانه احداث شد.
رودخانه کرج از سال 1346 خورشیدی در شمار رودخانه‌های تحت حفاظت سازمان محیط زیست قرار گرفته است. این رودخانه یکی از قطب‌های مهم گردشگری استان البرز به ویژه در شاخه اسپرت توریسم به شمار می‌رود و همه ساله در فصل صید (اواخر بهار تا اواخر تابستان) پذیرای شمار زیادی از گردشگرانی می‌باشد که به ورزش ماهیگیری علاقه دارند.
طبق گزارشات موجود، قزل‌آلای خال قرمز، قزل‌آلای رنگین کمان، ماهی خیاطه، سس ماهی و ماهی سرمخروطی سیاه فلس از جمله ماهیان موجود در رودخانه کرج می‌باشند اما متأسفانه در حال حاضر به دلیل استقرار واحدهای خدماتی، اراضی کشاورزی، مراکز مسکونی روستایی، ورود انواع فاضلاب‌های شهری و کشاورزی، تهدید زیستگاه و همچنین به دلیل گستردگی منطقه استحفاظی و وسعت حوزه عمل و کمبود نیروی انسانی و امکانات، از طریق صید غیرمجاز کاهش چشمگیری در جمعیت برخی از انواع این گونه‌ها مشاهده شده است.
