عرفان اسلامی در دامن مکتب تشیع زاده شده است و همه سلسله های تصوف، سر سلسله خود را مولای متقیان علی(ع) می دانند. با صرف نظر از درستی یا نادرستی بینش اهل تصوف، سیر و سلوک در نهاد شیعه نهفته است و به همین دلیل هرگز نهاد حوزه های علمی از گرایشهای عرفانی بیگانه نبوده است و همیشه در متن حوزه چنین جریانی در آشکار و نهان به حیات خود ادامه داده است.
متنهایی که در حوزه ها در زمینه عرفان تدریس می شود، هر چند بیشتر آنها، به دست علمای شیعه نوشته نشده اند، ولی چون نمی توان منکر علاقه مشایخ عرفانی به ساحت مقدس پیشوایان شیعه شد، علمای برجسته حوزه، بی هیچ تعصّبی در آموزش رموز عرفانی از این متنها بهره جسته اند.
عرفان، از ابتدا در حوزه ها پس از آموزش کلام و فلسفه تدریس می شده است و فصوص الحکم ابن عربی از مهم ترین متون درسی است که از مکاشفه سرچشمه گرفته است و قرنها توجه مدرسان رمز آشنا و چیره دست حوزه را به خود جلب کرده است.
متجاوز از صد شرح بر فصوص الحکم نوشته شده است و از مهم ترین شرحهای آن، نصوص قونوی و شرح قیصری (م:751ه.ق.) است که هر دو از متون درسی هستند. از شارحان برجسته شیعی فصوص، سید حیدرآملی (م:پس از 787ه.ق.) است که کتاب نص النصوص او، مدت چندین سده مورد استفاده عرفا قرار گرفته است.
در حوزه های علمی پس از دوره صفوی، افزون بر شرح فصوص قیصری، مفتاح الغیب و نصوص قونوی، تمهید القواعد صائن الدین علی بن محمد تُرکه (م:835ه.ق.) نیز تدریس می شده است و کتاب نهایی عرفان، شرح ابن فناری بر مفتاح الغیب صدرالدین قونوی (607 - 673ه.ق.) به نام مصباح الانس است.
از مدرسان نامی عرفان از دوره صفوی به بعد می توان به اشخاص زیر اشاره کرد: ملاحسن لبنانی (م:1094ه.ق.) مولانا محمد صادق اردستانی (م:1136ه.ق.) آقا محمد بیدآبادی (م:1198ه.ق.) میرزا محمد الماسی (م:1159ه.ق.)، میرزا محمد علی میرزا مظفر (م:1198ه.ق.)، ملا علی نوری (م:1246ه.ق.) و پسر وی، میرزا حسن نوری و شاگرد او، آقا علی حکیم اشاره کرد.
در دوره قاجار، میرزا عبدالجواد شیرازی و شاگرد وی، سید رضی لاریجانی و شاگرد او آقا محمد رضا قمشه ای (متولد1241ه.ق.) به درس عرفان در حوزه های علمی ایران رسمیت دادند. از میان شاگردان آقا محمد رضا قمشه ای، میرزا هاشم اشکوری (م:1332ه.ق.) آقا میرزا محمود قمی، از همه مشهورترند و حاج میرزا مهدی آشتیانی، آقا میرزا احمد آشتیانی، سید کاظم عصار تهرانی و میرزا محمد علی شاه آبادی، رفیعی قزوینی و محمد حسین فاضل تونی از تربیت شدگان مکتب میرزا هاشم هستند.
امام خمینی، آخرین و برجسته ترین استاد مسلم عرفان نظری است که پرورش یافته مکتب عرفانی مرحوم شاه آبادی است و تعلیقه ارجمندی بر فصوص الحکم دارد.
