پس از درگذشت آیة الله کاشف الغطاء، برادرش شیخ حسن همراه شیخ محمد حسن صاحب جواهر حوزه را اداره می کردند.با فوت شیخ حسن در سال 1266 اداره تمام حوزه به صاحب جواهر منتهی گردید.صاحب جواهر در روزهای آخر عمر، هنگامی که در بستر بیماری افتاده بود، دستور داد تا مجلسی از تمام علمای طراز اول در حضور او تشکیل شود و شیخ مرتضی را نیز حاضر کنند، آن گاه صاحب جواهر شیخ را بر بالین خود نشاند و دستش را بر بالای قلب خود گذاشت و گفت حالا مرگ بر من گوارا است و رو به حاضرین کرد و گفت: این مرد پس از من مرجع شما خواهد بود.و بعد رو به شیخ کرد و گفت: تو هم از احتیاطات خود کم کن، چه دین اسلام، آئین سهل و آسان است.بدین ترتیب زعامت حوزه علمیه نجف را که کوچکترین دلبستگی به آن نداشت، به شیخ مرتضی انصاری منتقل گردانید.البته این عمل مرحوم صاحب جواهر یک معرفی اجمالی و یک نوع توصیه و باز نمودن مقام علمی شیخ بود، و گرنه در مرجعیت، معرفی مرجع قبلی شرط نیست و فقط می تواند راهگشا باشد.
نامه به سعید العلماء و جواب ایشان:
با معرفی مرحوم صاحب جواهر و با روند تکاملی و اشتهار علمی که شیخ در حوزه نجف پیدا کرده بود، مرجعیت و زعامت به او منتقل می گشت، ولی او از این امر اباء داشت و قبول نمی کرد.نامه ای در این خصوص به هم درس و هم مباحثه سابق خود در کربلا، مرحوم سعید العلماء مازندرانی، به مازندران نوشت و از او دعوت کرد تا به نجف بیاید و این تکلیف را عهده دار شود، اما او این پیشنهاد را نپذیرفت و در پاسخ نوشت: «هنگامی که در کربلا بودم و من و شما با هم از محضر شریف العلماء استفاده می بردیم، استفاده و فهم من از شما بیشتر بود، اما در این مدت شما در آنجا مشغول تدریس و مباحثه بوده اید و من در اینجا گرفتار امور و مراجعات مردم هستم.شما در این امر از من سزاواتر هستید.» این داستان، نوعی ورع و تقوی و تکلیف پذیری مردان خدا را نشان می دهد که چه سان از پذیرش اموری که شائبه های مادیت و احتمال عوارض آلودگی دارد، گریزان بوده اند و در ترک آن با یکدیگر به مسابقه می پرداختند!
او بدین ترتیب از سال 1266 تا 1281 ه.ق، پانزده سال تمام ریاست و زعامت علمی حوزه علمیه نجف را در اختیار داشت و مردم مسلمان از او تقلید و پیروی می کردند و آن چنان در عرصه فقه و اصول تبحر داشت که با گذشت یک قرن و نیم از وفات او هنوز هم تالیفاتش در فقه و اصول در حوزه ها مورد استفاده اساتید می باشد.
