گاهی تصور می شود که مراد از وحدت حوزه و دانشگاه وحدت فیزیکی و خارجی است و اکنون که نظام اسلامی به وجود آمده است، نظام دانشگاهی و نظام حوزوی نیز باید در یکدیگر ادغام شوند و تعددی در نظام آموزشی نباشد. سپس این سوال مطرح می شود که این وحدت چگونه باید صورت گیرد؟ آیا باید یکی از آنها حذف شود و دیگری باقی بماند؟ یعنی یکی مثل دیگری شود؛ مثلا حوزه به دانشگاه تبدیل شود یا بعکس؟ یا اینکه هر دو حذف شوند و نظام تحصیلی جدیدی به وجود آید که بینابین و یا جامع هر دو باشد نه حوزه باشد و نه دانگاه، بلکه جامع امتیازات هر دو باشد؟
به نظر میرسد که این بحث از ریشه اشتباه است هرگز کسانی که وحدت حوزه و دانشگاه را مطرح کرده اند منظورشان وحدت فیزیکی آن دو نبوده است.
آنچه معقول است و باید تحقق پیدا کند این است که حوزه و دانشگاه هدف واحدی را در نظر بگیرند و برای تحقق آن دوشادوش هم تلاش کنند. این وحدت با وحدتی که در میان سایر اقشار ملت مطرح است فرقی ندارد. در آن مورد، هیچ کس نمی گوید که مثلا مسگرها آهنگر شوند یا آهنگرها مسگر، بلکه منظور از وحدت این است که همه اقشار ملت در یک جهت حرکت کنند و هدف واحدی را دنبال کنند.
وحدت حوزه و دانشگاه نیز به این معنا نیست که مثلا حوزه از فقه و اصول و سایر علوم خود دست بردارند و به دنبال دروس دانشگاهی برود و یا بعکس دانشگاه از دروس خود دست بردارد و دانشجویان دروس حوزوی بخوانند یا مثلا دانشگاهی لباس روحانی بپوشد و یا روحانی لباس دانشگاهی. این کارها ممکن است اما مطلوب نیست، زیرا ما به همه این علوم حوزوی و دانشگاهی نیاز داریم و طبعا گروههایی نیز باید به تحصیل در آنها بپردازند هم دانشگاهی باید باشد و کار خود را انجام دهد و هم حوزوی ولی در مسائل سیاسی باید باهم هماهنگ باشند و در برنامه ریزیهای علمی مشارکت داشته باشند.
حوزه و دانشگاه باید مثل دو خط موازی با هم حرکت کنند و در مواردی که بین دستاوردهای هر دو تلاقی حاصل می شود باید همکاریها قویتر شود، نه اینکه برخورد و تضادی بین آنها پیش آید؛ مثلا هدف رشته های علوم انسانی و تجربی یکی است و آن تأمین نیازهای علمی کشور است ولی هر کدام شیوه خاصی در تحقیق دارد شیوه تحقیق در یکی آزمایشگاهی است در در دیگری مصاحبه، پرسشنامه و ... .
ما می توانیم دو بخش آموزش داشته باشیم یکی آموزش علومی که مستقیما با دین در ارتباط است یا از دین تغدیه می شود و یا دین را تقویت می کند و در خدمت پیشرفت دین است و بخش دوم علومی که مستقیما با دین سروکار ندارد ولی به صورت غیر مستقیم در خدمت دین و متدینین قرار می گیرد. هر کدام از این دو بخش آموزش ویژگیهای خود را دارد، بخصوص با توجه به اینکه روش تحقیق در آن دو بسیار متفاوت است بطور کلی روش تحقیق در علوم اسلامی نقلی و تاریخی است، برخلاف روش تحقیق در علوم دانشگاهی که عمدتا تجربی می باشد.
به هر حال، اینگونه تفاوتها اقتضا دارد که دو نوع آموزش وجود داشته باشد و وحدت هدف موجب ادغام آنها در یکدیگر نمی شود، چون معنای وحدت هدف این است که هر دو جهتگیری واحدی داشت باشند و با یکدیگر احساس بیگانگی نکنند، به یکدیگر کمک کنند امکانات تحقیق و تدریس را با یکدیگر مبادله کنند، از تجربیات هم استفاده نمایند، از نقاط قوت یکدیگر آگاه شوند و بخشهای قابل اقتباس را از یکدیگر بگیرند و در قسمت خود پیاده کنند و بالاخره در مسائل سیاسی و اجتماعی، هماهنگ باشند.
