مهمترین آسیب های تحقیق به طور کلی و نگارش پایان نامه به طور خاص، تحقّق نیافتن فرهنگ تحقیق و پژوهش در مراکز علمی و دانشگاهی است. شاید یکی از دلایل این نقصان آن باشد که در این مراکز و مجامع هنوز جایگاه تحقیق و پژوهش آن گونه که باید شناخته نشده است و نقش آن در پیش رفت علوم و فنون و به عبارتی وابسته شدن رشد و توسعه علوم برای عناصر علمی اعم از اساتید و دانشجویان و طلاب درست تبیین نگردیده است.
آشنا نبودن طلاب، دانشجویان و حتی اساتید با ساز و کار پژوهش و نداشتن مهارت تحقیق، از جمله آفات مهم تحقیق و تدوین پایان نامه به شمار می آید، البتّه به این دو مسئله، عدم برنامه ریزی نیز اضافه می شود. در کار تحقیق باید این مسئله روشن گردد که در کدام مرحله باید به صورت گروهی یا تیمی عمل نمود و در چه موضوعاتی باید فردی تلاش کرد و برای انجام چنین کاری باید از چه روشی بهره جست.
عدم وجود سخت افزارهای مناسب نیز از دیگر آفات به شمار می آید. پژوهش در صورت فراگیر بودن، نیازمند به امکانات لازم است، در کار محدود و در پایان نامه ها نیز بدون امکانات، ارائه کار مطلوب امری ناممکن است. علاوه بر این وجود فضاهایی برای مطالعه و کار و امکانات رایانه ای نیز ضروری است. زیرا بدون تردید با وجود این امکانات است که می توان به مطالعه پرداخت به نیازها پی برد و موضوعات گوناگون را برای تحقیق برگزید. امروزه به جهت عدم دسترسی به مطالعات وسیع، بسیاری از کارهای تحقیقی از جمله پایان نامه ها از جهت موضوعات و عناوین در سطح پایینی قرار گرفته اند و عموماً به موضوعات تکراری پرداخته شده است.
مسلماً با وجود بانک اطلاعات و اطلاع رسانی مناسب بسیاری از عناوین و تحقیقات از تکراری بودن خارج شده و موضوعات نو جای آن را می گیرد. کمترین فایده این کار تحوّل در شرایط حاکم بر تحقیق خواهد بود.
این آفات همه، برطرف شدنی هستند و هیچ کدام مانع جدّی برای تلاش و تحقیق نمی باشند به شرط این که موانع، شناخته شده و برای رفع آن ها گام های اساسی برداشته شود.
