آغاز سال تحصیلی در حوزه‌های علمیه و به‌ویژه حوزه علمیه قم، هر ساله جلوه‌ای روشن و صریح از دغدغه‌ها و آرمان‌های مراجع عظام تقلید و بزرگان حوزه به نمایش می‌گذارد تا بتوان راهبردهای حوزه‌های علمیه را به وضوح مشاهده کرد. در این میان استقلال حوزه، یکی از دغدغه‌های مراجع عظام تقلید است که گرچه هر ساله یادی از آن به میان می‌آمده، اما در سال‌های اخیر با تأکید بیش‌تری مطرح شده و اولویت مهم‌تری یافته است. مراجع عظام تقلید و علمای حوزه، در آستانه سال نو تحصیلی حوزه‌های علمیه سراسر کشور، بار دیگر بر استقلال حوزه‌های علمیه تأکید کردند. این تأکیدها گرچه هرکدام از سویی و با نگاهی ویژه و متفاوت صورت گرفت، اما نشانه وحدت و انسجام درونی حوزه‌های علمیه در اهمیت و اولویت مسأله‌ی استقلال حوزه‌هاست.
رویکرد مراجع عظام تقلید به موضوع استقلال حوزه، در کنار همه اشتراکات، با این حال تفاوت‌هایی هم دارد که گرچه می‌تواند نشان‌گر تنوع آرا و نظرات در سطوح بالای رهبری و مدیریت حوزه علمیه باشد، اما همین تنوع آرا، گاه به موضوعی برای اختلاف در مدیریت حوزه‌های علمیه تبدیل می‌شود؛ زیرا در این میان برداشت برخی صاحبنظران و چهره‌های محوری حوزه‌های علمیه از استقلال حوزه، مدیریت مستقیم از سوی مراجع است؛ درحالی‌که برخی دیگر، استقلال حوزه را استقلال از دولت می‌دانند و عده‌ای دیگر این استقلال را به‌معنای نظارت و نصیحت در رابطه با نظام اسلامی تلقی کرده‌اند.
آیت‌الله‌العظمی مکارم شیرازی، در مراسم آغاز سال تحصیلی حوزه‌های علمیه، علاوه بر اینکه حوزه‌های علمیه را سرمایه‌های بزرگ جهان اسلام دانست، بر استقلال حوزه‌های علمیه تأکید کرد و دانشگاه الازهر مصر را نمونه‌ای از عدم استقلال دانست. برای روشن شدن رویکرد این مرجع تقلید به مسأله استقلال حوزه، باید به تصویر وی از عدم استقلال الازهر دقت کرد؛ آیت‌الله‌العظمی مکارم گفته است، الازهر وابسته به دولت است و مقامات دولت، رییس الازهر و مفتیان آن را تعیین می‌کنند. این مرجع تقلید شیعه، هرگونه وابستگی حوزه به دولت را به منزله نفی استقلال حوزه‌ها دانسته که ارزش این نهاد را پایین می‌آورد.
یکی دیگر از ملاک‌های استقلال حوزه از دیدگاه آیت‌الله‌العظمی مکارم، منابع مالی مستقل است تا برای رفع نیازمندی‌ها از آن استفاده شود.. آیت‌الله‌العظمی نوری همدانی در دیدار مدیر و اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه، ضمن تأکید بر لزوم حفظ استقلال حوزه، تصریح کرد که استقلال حوزه به‌معنای استقلال از نظام اسلامی و ولایی نیست؛ بلکه به‌معنای وابسته‌نبودن به دولت‌هاست و باید دولت‌ها را امر به معروف و نهی از منکر کند و تذکر بدهد.
اما اولین مرجع تقلیدی که در شهریورماه سال جاری و به مناسبت آغاز سال تحصیلی درباره استقلال حوزه‌های علمیه سخنانی بیان کرد، آیت‌الله‌العظمی صافی گلپایگانی بود. وی در نهم شهریور 1395، در دیدار با مدیر و اعضای شورای عالی حوزه‌های علمیه، ضمن تأکید بر اینکه حوزه علمیه، امانت امام زمان علیه‌السلام است، استقلال حوزه‌ها را بسیار مهم و آن را افتخاری برای شیعه دانست. وی تأکید کرد که استقلال حوزه‌های علمیه هرچه بیش‌تر برقرار شود و تمام تصمیمات و برنامه‌ریزی‌های مرتبط با حوزه در همه جهات، زیر نظر حوزه و علما و حوزویان باشد، خط موفق و واقعی حوزه‌های علمیه محفوظ می‌ماند؛ خطی که به‌گفته‌ی این مرجع تقلید، از اسلاف این نهاد بابرکت و مهم برجای مانده است. بر این اساس، عدم دخالت مطلق نهادها و اشخاص خارج از حوزه‌های علمیه در مدیریت آن، اصلی‌ترین شاخص استقلال حوزه‌هاست. آیت‌الله‌العظمی صافی هم‌چنین بر لزوم پرهیز از مدرک‌گرایی، آزادبودن انتخاب دروس و اساتید، حفظ متون اصیل درسی حوزه و لزوم بیداری حوزه‌ها در اوضاع جدید دنیا تأکید کرد که همگی می‌تواند وجوهی از تکمیل استقلال حوزه‌ها باشد. آیت الله حسینی بوشهری، 20 بهمن 1392، در زمان مدیریت حوزه‌های علمیه، در گفت‌وگویی، برخی از شاخصه‌های استقلال حوزه‌ها را بیان کرد. به اعتقاد او، حوزه مستقل به‌معنای حوزه‌ای در تقابل با نظام اسلامی نیست و علاوه بر آن، به‌معنای حوزه‌ای بی‌تفاوت نسبت به نظام اسلامی هم نیست. به باور او، استقلال حوزه‌ها به‌معنی دیده‌بانی حوزه در قبال نظام اسلامی و ترمیم نقاط ضعف آن است. شاید جدی‌ترین و روشن‌ترین بخش سخنان او درباره استقلال حوزه‌ها، این است که حوزه‌های علمیه نباید از نظر اداری و اجرایی وابسته به نظام باشند و در نتیجه نباید گوش‌به‌فرمان نظام‌ها باشند. به تصریح مدیر پیشین حوزه‌های علمیه، زمانی که حوزه‌های علمیه نتوانند سخن، نقد و نظارتی داشته باشند، آن روز، روز افول حوزه‌ها خواهد بود.
صریح‌ترین سخنان درباره استقلال حوزه‌های علمیه را شاید آیت‌الله محمدعلی گرامی، 17 اردیبهشت 1395، گفته است. او گرچه تصریح می‌کند که نمی‌خواهد بر سر اعتقاد خود سر و صدا کند، اما عقیده‌اش این است که مدیریت حوزه فقط باید به‌دست مراجع باشد. او سپس اضافه می‌کند که امام خمینی هم همین عقیده را داشته است. آیت‌الله گرامی در بیانی دیگر، نتیجه عدم استقلال حوزه را از بین رفتن استقلال و احترام روحانیت در جامعه و از بین رفتن نفوذ آن در بین مردم می‌داند. او در صریح‌ترین بخش سخنانش، از رویکردهای موجود انتقاد می‌کند و می‌گوید: اکنون طوری شده است که اگر هم ملاقاتی با مراجع بکنند، بعد از این است که کارها و تصمیم‌گیری‌ها انجام شده است؛ سپس آقایان مراجع را هم در جریان می‌گذارند.
آن‌چه گفته شد، مروری بود بر برجسته‌ترین سخنان بزرگان حوزه و مراجع عظام تقلید درباره استقلال حوزه‌های علمیه که به روشنی حاکی از جایگاه ارزشمند استقلال حوزه‌ها در نگاه این شخصیت‌هاست. با این حال باید دید این نظرات تا چه اندازه در مدیریت عالی حوزه‌های علمیه قدر دانسته می‌شود و به آن‌ها توجه خواهد شد. مدیریت جدید حوزه‌های علمیه، فرصتی جدی و نو برای بیش از پیش جدی‌گرفتن استقلال حوزه‌ها و اولویت یافتن این مسأله است تا خواست‌ها و نظرات مراجع عظام تقلید و بزرگان حوزه، به‌صورت جدی پی‌گیری شود و به فعلیت برسد.
