گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس مهم‌ترین چالش‌های موجود در مسیر تولید در بخش کشاورزی را «مدیریت بازار»، «سرمایه‌گذاری»، «فضای کسب و کار»، «کشاورزی دانش‌بنیان»، «تولید نهاده‌های فناورانه کشاورزی»، «خودکفایی در تولید نهاده‌ها و محصولات اساسی کشاورزی»، «خدمات بیمه‌ای صندوق بیمه کشاورزی»، «کشاورزی قراردادی» و «مدیریت اراضی کشاورزی» عنوان کرده است. جالب‌ترین موضوع در این گزارش، استفاده از عبارت «راهکارهای غیراصولی و همراه با آزمون و خطا» برای برخی از بخش‌های طرح کمیسیون کشاورزی است که در گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس به اشکال مختلف، بارها تکرار شده است. اوج این نقد در اظهارنظری است که مرکز پژوهش‌ها پیرامون ماده یک عنوان کرده است. از آنجا که در ماده یک طرح مجلس، به شیوه تنظیم بازار در بخش کشاورزی اشاره شده، مرکز پژوهش‌های مجلس با یادآوری خطای طرح در اصرار بر تشکیل ستادی تحت عنوان «ستاد تنظیم بازار محصولات کشاورزی» به «نظام واسطه‌گری» در حوزه باغات و محصولات کشاورزی به عنوان یک مساله جدی در این بخش اشاره کرده که در طرح مجلس به آنها بی‌توجهی صورت گرفته است. مرکز پژوهش‌ها با استناد به ماده یک طرح کمیسیون کشاورزی، اعلام کرده در این ماده تشکیل ستادی تحت عنوان ستاد تنظیم بازار کشاورزی به منظور تنظیم بازار داخلی کالاهای کشاورزی پیش‌بینی شده است. آنچه در عرف سیاستگذاری ایران مرسوم است، تنظیم بازار به مفهوم دخالت دولت در بازار است که عمدتا سبب اختلال در آن می‌شود. در حالی که مشکل اصلی بازار محصولات کشاورزی که نقش اساسی در مختل شدن فضای کسب و کار بخش کشاورزی را دارد، حضور پررنگ واسطه‌های غیرضرور و سلف‌خران است که به نوبه خود، سبب افزایش حاشیه بازار و عدم‌انتفاع مناسب کشاورزان از تولیدات خود می‌شود. البته به این موضوع باید دخالت‌های ناگهانی دولت با ستاد تنظیم بازار، به اسم حمایت از مصرف‌کننده و با سرکوب قیمت محصولات کشاورزان را افزود.
این گزارش با تاکید بر ضرورت کاهش استفاده از اهرم «تعیین دستوری قیمت» در بخش کشاورزی از سیاستگذار درخواست کرده مگر در موارد اضطراری، از این ابزار استفاده نکند. تحلیل مرکز پژوهش‌های مجلس این است که اگر قرار بر رفع موانع تولید بخش کشاورزی است، باید نظام واسطه‌گری موجود که به ضرر کشاورزان و مصرف‌کنندگان فعالیت می‌کنند، اصلاح شود؛ نه اینکه دخالت دولت و تنظیم (یا کنترل) قیمت توسط آن کماکان رویکرد اصلی در مدیریت بازار باشد.
این مرکز به سیاستگذار پیشنهاد کرده به جای تمرکز بر رویه خطای تنظیم قیمت در این طرح، روی «استقرار نظام عرضه مستقیم»، «توانمندسازی تشکل‌ها»، «اصلاح قیمت خرید تضمینی محصولات کشاورزی با توجه به ضوابط مندرج در قوانین و نیز با در نظر گرفتن قیمت تمام شده واردات این محصولات»، «جلوگیری از صدور مجوز واردات بی‌رویه در صورت تولید داخل»، «اصلاح رویه‌ها و مقررات موجود در مراکز عمده‌فروشی در جهت ارتقای شفافیت» در کنار «توسعه بورس کالای کشاورزی» تمرکز کند.
بررسی این گزارش و نقد فعالان بخش کشاورزی نشان می‌دهد با افزایش تصدی‌گری، رشد تولید مقرره در بخش کشاورزی بیشتر شده و مسیر تولید محصولات غذایی و باغی با اخلال روبه‌رو می‌شود. بنابراین اگر قرار است ابعاد و کیفیت تولید کشاورزی بهتر شود و امنیت غذایی تضمین شود، باید شرایط فعالیت در بخش کشاورزی از چهار مسیر بهبود یابد. این مسیرها به ترتیب شامل کاهش مداخلات قیمتی، کاهش هزینه و زمان شروع فعالیت، سودآور کردن تولید در این بخش از طریق حذف واسطه‌ها و توسعه سطح تکنولوژی در این بخش است.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس نکات دیگری هم دارد. این مرکز درباره طرح مذکور تاکید کرده با وجود اینکه «کمیسیون کشاورزی، آب و منابع طبیعی» در طرح خود به اصلاح وضع موجود اشاره کرده و در مسیر پشتیبانی و رفع موانع تولید کشاورزی، به جنبه‌های ساختاری و فرآیندی پرداخته ولی در زمینه‌های مرتبط با ایجاد ساختار‌های جدید و چگونگی تعامل و هماهنگی آنها با ساختار فعلی وزارت جهادکشاورزی، چگونگی مرتبط ساختن تحقیقات و تولید، به کارگیری قابلیت‌های تشکل‌ها و حاکم ساختن ضوابط و مقررات ضدانحصار در زمینه فعالیت‌های آنها، چگونگی صدور مجوزهای کسب و کار و حفظ کاربری اراضی ایرادهای جدی بر آن وارد است. البته در برخی موارد نظیر تبصره 2 ماده 2، به طرح تشکیل سازمان توسعه تجارت کشاورزی ایران پس از ادغام سازمان‌های موازی اشاره شده که اقدام مثبتی است و از حجم دولت می‌کاهد. با اینحال برخی دیگر از موارد مطروحه در طرح کمیسیون کشاورزی مسیری عکس را در پیش گرفته است.
از نظر کارشناسان مرکز پژوهش‌های مجلس دلیل ایرادات گسترده «طرح پشتیبانی و رفع موانع تولید کشاورزی»، عموما به خطاهایی برمی‌گردد که حین نگارش طرح از سوی کمیسیون کشاورزی مورد بی‌توجهی قرار گرفته‌اند. در واقع بانیان این طرح به شکلی آشکار به برخی رویه‌ها که خود عامل وضع موجود بخش کشاورزی هستند، بی‌توجهی نشان داده و در حل مسائل کشاورزی دوباره از ابزارهایی خطا استفاده کرده‌اند. از آنجا که تا نگاه سیاستگذار و ابزارهای اصلاح مسیر تغییر نکند، مشکلات جدی نظام کشاورزی ایران حل نمی‌شود، بازطراحی نظام کسب و کار در بخش کشاورزی نیازمند تصویب طرحی است که شرایط فعلی را تغییر دهد. این نکته‌ای است که پیش‌تر از سوی مرکز پژوهش‌های اتاق بازرگانی ایران مورد تاکید بود و در گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس هم به آن اشاره شده است. استفاده بهتر و بیشتر از ظرفیت بازیگران بخش خصوصی، پرهیز از ایجاد کمیته‌ها و ستادهای تا‌زه که عمدتا بر میزان مقرره‌ها می‌افزایند، در کنار اعطای برخی مجوزها به نهادهای دولتی و عمومی در حوزه کسب و کارهای کشاورزی موارد مهمی است که در طرح مجلس از آن غفلت شده است. البته برخی ابهامات هم در این طرح وجود دارد که نیازمند اصلاح هستند. برای نمونه، عدم‌ممانعت از بهره‌برداری از اراضی درجه (یک) و (2) کشاورزی در قالب فعالیت‌های کشاورزی که نیاز به اراضی حاصلخیز ندارند در ماده (12) مطرح شده است. موردی که در صورت تصویب زمینه تغییر کاربری اراضی زراعی-باغی حاصلخیز کشور را که دچار محدودیت جدی هستند، به اسم توسعه صنایع تبدیلی و دامداری فراهم خواهد کرد. همچنین ماده (13) طرح، نه‌تنها رویکرد اساسی در خصوص مقرره‌زدایی را مدنظر قرار نداده است، بلکه تلویحا بر خلق مقررات جدید در حوزه کسب‌وکار تاکید کرده است، به‌طوری که هر گونه فعالیت در بخش کشاورزی حتی زراعت و باغبانی نیازمند اخذ سه نوع پروانه تاسیس، ساخت و پروانه بهره‌برداری از سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی خواهد بود! این امر سبب تحمیل هزینه‌های مضاعف بر سرمایه‌گذاران این حوزه خواهد شد. این موارد نه‌تنها با سیاست‌ها و اهداف جهش و رونق تولید همخوانی ندارد، بلکه خود مانع تولید نیز محسوب می‌شود که باید با رویکردهای پیشنهادی در این گزارش اصلاح شوند.
