چون امیر مؤمنان (ع) توسط ابن ملجم مضروب شد، طبق روایت حاکم در مستدرک، نسبت به او سفارش کرد و گفت: به او نیکی کنید.اگر زنده ماندم یا می بخشم یا قصاص می کنم و اگر دنیا را وداع گفتم، شما خود در مجازات او شتاب کنید که من در پیشگاه خدای عزوجل خصم اویم.در روایتی دیگر که حاکم نقل کرده نیز آمده است: چون ابن ملجم را به نزد علی (ع) آوردند آن حضرت فرمود: با او همان کنید که رسول خدا (ص) درباره کسی که می خواست او را بکشد کرد.وی فرمان داد تا او را بکشند و به آتش بسوزانند.
طبری گوید: چون علی (ع) رحلت یافت، حسن (ع) ابن ملجم را طلبید.او را حاضر کردند. ابن ملجم به حسن (ع) گفت: من با خدا پیمانی نبسته ام جز آنکه بدان وفا کرده ام.من در حطیم با خدا پیمان بستم که علی و معاویه را بکشم یا خود کشته شوم. پس اگر مایل باشی مرا واگذار تا معاویه را نیز بکشم و عهد خدا بر من باد اگر او را نکشتم و زنده ماندم به نزد تو باز آیم و دستم را در دست تو بنهم.حسن (ع) به او پاسخ داد: هرگز به خدا سوگند مگر آنکه آتش را ببینی.سپس او را جلو انداخت و کشت.پس مردم جنازه او را گرفته در پوریا پیچیدند و آتش زدند.
شیخ مفید در ارشاد گوید: ام هیثم دختر اسود نخعی درخواست کرد جنازه ابن ملجم را به او ببخشند تا وی آن را آتش بزند.پس جنازه را به او بخشیدند و او نیز آن را به آتش سوزانید.حاکم در مستدرک به سند خود از ابو اسحاق همدانی نقل کرده است که گفت: دیدم قاتل علی بن ابیطالب را که در میان نیزه داران به آتش سوزانده شد.
