مراقبت اخلاقی معنوی وظیفه آحاد جامعه مسلمانان است هر فرد متدین باید به سلوک معنوی خود بیندیشد و بر رفتار دورن و برون خود مراقبت کند اما روحانی به جهات مختلف به گونه ای مؤکد این وظیفه را بر عهده دارد.
اخلاق و معنویت نور فروزان حیات حوزه است با اخلاق می توان ظلمت را شکافت و حیات و بقای حوزه را به فروغ این شعله تابنده تضمین کرد تا زمانیکه این درخشش از حوزه نمایان باشد به یقین و اطمینان از بقا و تاثیر آن می توان سخن گفت و آن را نهادی مؤثر و ماندنی تلقی کرد.
مقام معظم رهبری حضرت آیة اللّه خامنه ای در سخنان خود در جمع گروهی از طلاب نکته گرانمایه ای را از حضرت امام خمینی نقل می کنند که حقیقتاً درس آموز است ایشان می فرماید روزی باجمعی از اساتید معروف بزرگ خدمت امام بودیم یکی از آنها راجع به حوزه قم مطالبی به امام گفتند امام در پاسخ فرمودند:«شما بروید دو چیز را در حوزه محکم بچسبید یکی فقه و دیگری اخلاق » این توصیه کوتاه و پرمحتوا اهمیّت و جایگاه خاص اخلاق در حوزه های علمیه را مشخص می کند و حوزه های علمیه و اصحاب آنرا به حرکتی استوارتر به سوی اخلاق و معنویات فرامی خواند.
بحمد اللّه حوزه های علمیه در نظام پرورشی و آموزشی خویش به تلفیق دانش و اخلاق توجه کرده و برای تحقق آن کوشش نموده است. بزرگان حوزه (که حامل علم ودانش واخلاق و تهذیب بوده اند) به دانش پژوهان سفارش کرده اند که «. .. باید کوشش شود در این حوزه های علمیه در کنار علم فقه و فلسفه و امثال اینها حوزه های تهذیب باشد»
در بینش حوزویان تحصیل علوم مقدمه تهذیب نفوس است و هر کس که در آغاز کار و در مقدمه باز ماند از قافله رهروان راه کمال و پویندگان راه وصال وامانده است و همتی باید تا خود را به وسیله راهبری به رهروان برساند.
فرو رفتن در اصطلاحات و توجه کردن به بعضی ازفروعات و یک بعدی حرکت نمودن در تفکرات از آفات عالمان واندیشمندان به شمار می رود و علم بین او و حقیقت انسانیش عایق و مانع ایجاد می کند و در نتیجه از رسیدن به هدف، او را بازمی دارد و در نیمه راه سرگردان و بی هدف او را رها می سازد.
طالب علم و عالم طالب حقیقت کسی است که همپای مطالعه و مباحثه کتاب درس خود توجه به کتاب نفس نیز داشته باشد بدین جهت است که دلسوزان حوزه و مربیان وارسته اینگونه توصیه کرده اند:«علمی که انسان ساز است علم عرفان است اخلاق است که به انسان مراقبت و حضور و تعلیم می دهد کتاب وجود انسان را بر او می شوراند و اگر انسان کتاب وجود خودش را درست بخواند کامل است ».
بدینسان جایگاه آموزشهای اخلاقی در نظام تربیتی اسلام بلند و رفیعی است و حوزه های علمیه هم که وابسته به اسلام و نظام اسلامی است شالوده حیاتی آنرا همین توجه به معنویات و تخلق به فضائل، اجتناب از رذائل تشکیل می دهد و از این جهت است برای دانشجوی حوزه ای فراگیری مسائل اخلاقی از اهم وظایف او به شمار می رود.
پس حوزه و اخلاق، عالم دینی و پارسایی، و روحانیت و معنویت همراه و قرین یکدیگرند حوزه بدون اخلاق، عالم دینی بدون پارسایی و روحانیت بدون معنویت تصوّر نمی شود اگر هم باشد پوسته ای درون تهی است و از آن طرف پارسایی و زهد هم بدون ریشه در دانش وآگاهی ره به جایی نمی برد و چراغی نمی افروزد و زاویه تاریکی را روشن نمی کند
معنویات فقط با بال علم می تواند حرکت کند و سرگشته ای را از وادی سرگشتگی رهایی بخشد و گرنه نه خود راه می یابد و نه دیگری را می تواند راه نمایاند.
هدف حوزه ها پرورش انسانهایی است که با این دو بال حرکت کنند و پس از تهذیب درون خود جامعه انسانی را بر این دو رکن استوار سازند.
از این روی حوزه نه حرکت صوفیانه و عزلت گزینی را می پذیرد و نه دانش اندوزی بدور از ریاضت نفس را، بلکه حوزه ها خاستگاه فضائل و مرکز ستیز با رذائل اند.
و به همین جهت است که همیشه و همه جا همرا کلمه طالب علم و حوزه علوم دینی واژه های قداست، تقوا و خلوص به ذهن می آید و عالم دینی جایگاه روحانی می یابد و حق هم همین است چر اکه عالمان وارسته حوزه ها از دیرباز رویکرد اساسی به تهذیب نفس و علم اخلاق داشته اند آموزش اخلاق در کنار احکام و عقاید رکن مهمی از مباحث حوزه های علمیه بوده است درسهای اخلاق و نوشتن دستورالعملهای اخلاقی و کتابهای اخلاقی رایج بوده است و به خاطر این اهتمام جدی انساهای وارسته ای تربیت شده اند که هر یک اسوه ای برای حوزویان و دیگر مردم بوده اند.