ابتهاج پس از کناره گیری از کار‌های دولتی به پشتوانه سوابق طولانی‌اش در امر بانکداری، بانکی خصوصی به نام «بانک ایرانیان» را با سرمایه چند تن از جمله همسرش آذر صنیع و حسن شمشیری تاسیس کرد. او در کتاب خاطرات خود این‌گونه می‌نویسد: «بعد از کناره‌گیری از سازمان برنامه نمی‌دانستم که چه باید بکنم.
سرگردان و بلاتکلیف بودم. آذر پیشنهاد کرد به مازندران برویم و در املاکی که از پدرش به او رسیده بود، کشاورزی کنیم. جواب دادم این کار مطابق سلیقه من نیست.
گفت: می‌توانم املاکم را بفروشم و اقدام به تاسیس واحد صنعتی کوچکی کنیم. این را نیز، چون مطابق ذوقم نبود، رد کردم. مدت‌ها بود در فکر تاسیس بانکی بودم تا اینکه یک روز در مجله فردوسی خواندم که ابتهاج در فکر تاسیس بانک است.
این فکر در من تقویت شد و بر اساس اعتمادی که حس می‌کردم مردم نسبت به من دارند، تصمیم به اجرای این فکر گرفتم و در این مورد با یک عده از دوستانم صحبت کردم. یکی از این اشخاص یوجین بلاک، رئیس وقت بانک جهانی بود.» (ابتهاج، ص460). آذر ابتهاج خانه‌اش را فروخت و اولین کسی بود که سهام بانک ایرانیان را خریداری کرد و در عین حال اولین زن ایرانی بود که به عضویت هیات مدیره یک بانک انتخاب شد.
این بانک در اوایل دی‌ماه سال 1338 رسما شروع به کار کرد. در اواخر سال 1339 در پی ترمیم کابینه جعفر شریف‌امامی، قائم مقامی نخست‌وزیر در سازمان برنامه به احمد آرامش رسید. او که پیش‌تر عضو هیات نظارت سازمان برنامه بود، مدعی شد ابتهاج در دوران ریاست سازمان برنامه سابقه سوء‌استفاده مالی داشته و پول‌های کلانی به مقاطعه کاران داده است.
ادعا‌هایی که با پاسخ ابتهاج مواجه شد که در مقام دفاع، ادعا‌های آرامش را رد کرد. هرچند آن زمان سخنان آرامش جز جنجالی مطبوعاتی فرجامی نیافت، اما زمینه را فراهم کرد تا حدود هشت ماه بعد همزمان با نخست‌وزیری علی امینی دوست صمیمی ابوالحسن ابتهاج، او به اتهام فساد مالی بازداشت شود.
روزنامه‌ها عصر 20 آبان 1340 در خبری اعلام کردند: «ساعت 45: 8 صبح امروز ابوالحسن ابتهاج مدیرعامل بانک ایرانیان، به دادسرای دیوان کیفر رفت و در ساعت 1:30 بعدازظهر، قرار بازداشتش صادر شد.»
هرچند ظاهر قضیه بازداشت ابتهاج اتهام فساد مالی بود، اما به احتمال بسیار زیاد، علت اصلی دستگیری او انتقاد از برخی سیاست‌های اقتصادی کشور و همچنین دشمنی دیرینه جعفر شریف‌امامی نخست‌وزیر وقت با او بود. ماروین زونیس در کتاب «نخبگان سیاسی در ایران» با اشاره به ماجرای بازداشت و آزادی ابتهاج به قید ضمانت، از آن با عنوان نمونه‌ای از برخورد شاه با نخبگان درون حاکمیت که به انتقاد روی می‌آورند، یاد کرده و می‌نویسد:
«ابوالحسن ابتهاج اگرچه متهم به فساد مالی شده بود، اما در نهایت هیچ‌یک از اتهامات وارده بر او اثبات نشد و به واقع بازداشت او، به سخنرانی‌اش در کنفرانس بین‌المللی صنایع در سانفرانسیسکو بازمی‌گشت.
ابتهاج در آن سخنرانی گفته بود که کمک‌های مالی یک کشور به کشور دیگر، موجب می‌شود که منابع مالی مزبور بر اساس ملاحظات نظامی و سیاسی خرج شوند و به کار توسعه نمی‌آیند و در این باب، از ایران مثال زده بود؛ سخنانی که البته به مذاق شاه ایران خوش نمی‌آمد.»
ابتهاج همان روزی که قرار بازداشتش صادر شد، خطاب به خبرنگاران حاضر در دیوان کیفر گفت: «چون مجالی برای تکمیل تحقیقات من وجود نداشت، مرا بازداشت کردند. در مملکتی که دزد‌ها آزادانه راه می‌روند، من باید به زندان بروم. اتهام من آبادانی‌های خوزستان است.»
آبادانی‌های خوزستان که ابتهاج به آن اشاره می‌کند، پروژه‌ای بود با عنوان «عمران خوزستان» که عبدالرضا انصاری از مدیران وزارت کار در سال‌های پیش از انقلاب هدایت آن را بر عهده داشت و به دستاویزی برای اتهام‌زنی به او تبدیل شد.
عبدالرضا انصاری که خود نیز در سال 1340 به دیوان کیفر احضار شده بود، در خاطراتش با اشاره به تلاش بازپرس دادگستری برای پرونده‌سازی برای ابتهاج در جریان بازجویی‌های او می‌نویسد: «به دفتر آقای نصیری، بازپرس دیوان کیفر رفتم.
تصور می‌کردم او اطلاعات زیادی از برنامه عمران خوزستان جمع کرده و حالا می‌خواهد با سوال از من اطلاعات پرونده را تکمیل کند و به همین دلیل منتظر بودم سوالات مهمی راجع به ابعاد مختلف برنامه و نحوه اجرای کار و طرز عمل شرکت عمران و منابع مطرح کند، ولی بعد از رد و بدل شدن تعارفات و یکی دو سوال اول متوجه شدم که او اصولا اطلاع زیادی درباره خوزستان و منابع عظیم این منطقه و اهمیتی که این استان از لحاظ سیاسی و اقتصادی در تمام خاورمیانه دارد و اولویتی که در کل برنامه‌های عمرانی کشور برای این منطقه قائل شده‌اند، ندارد و مبنای اطلاعاتش شاید فقط چند خبر روزنامه‌ای و شایعات بی‌معنای عامیانه باشد.
در این مذاکرات مهم‌ترین سوالی که آقای نصیری مطرح کرد، موضوع سفر اول آقایان لیلیانتال و کلاپ به خوزستان بود.» دکتر محمد کاظمی، رئیس قسمت کشاورزی سازمان برنامه، به‌عنوان مهماندار به همراه آقایان نامبرده به خوزستان رفته و هزینه اقامت آقایان را در هتل شهرداری اهواز و چند نقطه دیگر پرداخته بود.
سوالات آقای نصیری بیشتر درباره هزینه‌های متفرقه این مسافرت، از جمله پرداخت بهای چند بطری آبجو و آلبوم عکس و مخارجی از این قبیل بود.
از مجموعه سوالات او می‌شد نتیجه گرفت که این رسیدگی‌ها بیشتر جنبه پرونده‌سازی دارد نه رسیدگی اصولی و این مساله بعد‌ها پس از زندانی کردن آقای ابتهاج به مدت هشت ماه و سپس صدور قرار منع تعقیب ایشان بر همه روشن شد، زیرا متن قرار به قدری مبهم و بی‌سر و ته بود که به خوبی نشان می‌داد اولا نویسنده قرار شخص ناواردی است که برای انجام دستور مجبور بوده است چند صفحه‌ای را سیاه کند و ثانیا موارد اتهام مبنای صحیحی نداشته و یک فرد خدمتگزار مملکت چندین ماه بی‌جهت به زندان انداخته شده است.
جالب اینکه در آخر قرار ذکر شده بود که ابتهاج و اعضای شورای عالی برنامه و مدیران آن سازمان همگی خدماتی به ایران کرده‌اند که شایسته تقدیر است و مرتکب عمل خلافی که قابل تعقیب باشد، نشده‌اند.
همان شب علی امینی نخست وزیر در پاسخ به سوال خبرنگاران درباره بازداشت ابوالحسن ابتهاج گفت: «من به هیچ‌وجه از بازداشت آقای ابتهاج خبر نداشتم. این کار مربوط به دادگستری است و البته اگر کسی از نظر قانون خطاکار باشد، من نمی‌توانم هیچ‌گونه نظری داشته باشم.»
امینی همچنین گفت: بین او و ابتهاج اختلافی وجود ندارد. این در حالی است که ابوالحسن ابتهاج در خاطراتش تاکید دارد: «عقیده من این است که بازداشت من بدون توافق شاه و نخست‌وزیر امکان پذیر نبود.» ابتهاج با اشاره به نشانه‌هایی که از تلاش امینی و دولتش برای پرونده‌سازی علیه او حکایت داشت، می‌گوید:
«اواسط آبان 40 بود که امینی تلفن کرد و گفت: امروز صبح شرفیاب بودم و صحبت تو بود و در نظر است تعدادی از بانک‌هایی که وضع‌شان خراب است درهم ادغام شوند و تو را در راس آن‌ها قرار دهند. گفتم خیلی تعجب می‌کنم، چون شنیده‌ام دولت تو مشغول پرونده‌سازی علیه من است.
امینی با خنده گفت: این حرف‌ها چیه، چرا هذیان میگی؟ چنین صحبتی در بین نیست، ولی تو خودت هم شاه را تحریک می‌کنی. قبل از تلفن امینی مدیر مجله فردوسی به من اطلاع داد که چند روز قبل عده‌ای از مدیران روزنامه‌ها مهمان نخست‌وزیر بودند و سر میز غذا امینی می‌گوید اگر لازم باشد من دوست خودم ابوالحسن ابتهاج را هم توقیف خواهم کرد.
پنج‌شنبه 18 آبان 1340 احضاریه‌ای از دیوان کیفر به دست من رسید که خواسته بود ظرف پنج روز خودم را به دیوان کیفر معرفی نمایم.» ابتهاج به خاطر اتهاماتی که به او وارد شده بود هشت ماه در زندان ماند و سرانجام با قرار وثیقه معادل 720 میلیون ریال آزاد شد.
پس از سقوط کابینه امینی، پرونده ابتهاج مختومه اعلام و او از تمامی اتهامات وارده تبرئه شد. ابتهاج پس از آزادی، ابتدا 25 درصد سهام بانک ایرانیان را به سیتی‌بانک آمریکا فروخت و سپس در سال 1356 با واگذاری کامل باقی‌مانده سهام به هژبر یزدانی، ایران را برای همیشه ترک کرد.
