آموزش در «مرکز جهانی علوم اسلامی » به 2 شیوه انجام می پذیرد:
1- شیوه آموزش پایه ای:
این شیوه آموزشی (روش متداول حوزه های علمیه) دارای 3 سطح بوده و هدف نهائی آن، تربیت مجتهد است:
- سطح اول: دانش پژوهان، دوره ای از فقه و اصول نیمه استدلالی را به همراه سایر علوم اسلامی فرامی گیرند.
- سطح دوم: در این سطح روش استدلالی فقه، اصول و سایر علوم دینی را می آموزند.
- سطح سوم: به بحثهای نظری و استنباطی مسایل فقهی، اصولی و... اختصاص می یابد.
طلاب کشورهایی نظیر عراق، افغانستان، پاکستان، هندوستان، ترکیه، لبنان، عربستان سعودی، بحرین و... که دارای سابقه حوزه های علمیه (سنتی) هستند برای این شیوه آموزش پذیرش می شوند.
2- شیوه آموزش نوین (نظام واحدی):
این شیوه آموزشی با بهره گیری از دستاوردهای جدید حوزه و دانشگاه، طراحی شده و دارای 5 مقطع تحصیلی می باشد:
1- کاردانی معارف اسلامی: با هدف تربیت مربی امور دین;
2- کارشناسی علوم و معارف اسلامی: با هدف تربیت مبلغ و معلم;
3- کارشناسی ارشد: با هدف تربیت استاد و محقق در رشته های مختلف مانند: فقه و اصول، فلسفه و کلام، ادیان و مذاهب، تاریخ اسلام، علوم قرآن و حدیث، تبلیغ و ارتباطات;
4- دکترا: با هدف تربیت متخصص در رشته های گوناگون برای پاسخگویی نیازهای فرهنگی جهان اسلام;
5- اجتهاد: با هدف تربیتی صاحبنظران مورد نیاز جهان اسلام در رشته های گوناگون;