از سال 1365 ق، مرجعیت حضرات آیات عظام حاج آقا حسین بروجردی و حاج سید محمود حسینی شاهرودی و حاج سید محسن طباطبائی حکیم شروع شد. معاصر با این بزرگان آیات عظام دیگری هم می زیستند از جمله:
سید جمال الدین موسوی گلپایگانی
میرزا ابراهیم اصطهباناتی معروف به میرزا آقا شیرازی
سید عبد الهادی حسینی شیرازی
سید حسین حمامی
سید محمد حجت کوه کمره ای
سید محمد تقی خوانساری
سید صدر الدین صدر
سید محمد بغدادی
و ...
آیت الله بروجردی بزرگ مرجع شیعه، در مقام تدریس یگانه بود و گروه زیادی از طلاب و فضلا در درس ایشان شرکت می کردند. از میان شاگردان او شخصیتهای برجسته و بزرگی برخاستند که در حوزه علمیه قم از درخشندگی خاصی برخوردارند و منشا آثار و خدمات ارزنده ای به اسلام و مسلمین هستند. اینان با تدریس ابحاث فقهی - اجتهادی همراه با ابداعات و نوآوریهای خویش در گسترش و پویایی آن ابحاث گامهای مؤثری برداشته اند.
مرحوم بروجردی در بحثهای فقهی - اجتهادی آراء و نظریات و اصطلاحات جالب پدید آورد که مجموعه آنها توسط شاگردان برجسته او به عنوان تقریر در زمان خود او چاپ و منشر گردید که مورد استفاده فضلا و علما می باشد.
وی عالم وارسته ای بود که بخش عظیمی از زندگی خویش را در راه پر بار ساختن مکتب فقهی اهل بیت عصمت و طهارت علیه السلام سپری ساخت و در فقه و فقاهت مقامی بس شامخ و ارجداری را حائز گردید و شاگردان متعدد و فاضلی را تربیت نمود که هر کدام مشعل دار فقاهت در عصر کنونی می باشند حوزه درس او یکی از حوزه های غنی و پر بار بود و در طول 15 سال مرجعیت، دهها تن از آن حوزه فارغ التحصیل شده اند. وی آثار ارزشمندی را از خود بر جای گذاشت که کتابهای: جامع احادیث الشیعه، تعلیقه بر اسفار ملاصدرا، طبقات رجال، حاشیه بر کفایه الاصول، حاشیه بر کفایه شیخ طوسی،و بیوت شیعه از آن جمله است.
در آن زمان بیشتر مردم ایران مقلد آیت الله بروجردی بودند، ولی شیعیان عراق و لبنان اکثرا از مرحوم آیت الله حکیم تقلید می کردند، اما آیات عظام دیگر، گرچه در کشورهای یاد شده، شمار اندکی مقلد داشتند ولی مقلدین آنها بیشتر در افغانستان، پاکستان، کویت، بحرین و قطر بودند، هر چند در همین نقاط نیز مقلدان مرحوم آیت الله بروجردی بیش از دیگران بودند.
