به گزارش دنیای اقتصاد، نهم مردادماه سال 1288 ه. ش شیخ فضل‌الله نوری، روحانی سرشناس دوره مشروطه به اتهام همکاری با محمد علی‌شاه در سرکوب مشروطه‌خواهان با حکم دادگاه در میدان توپخانه تهران اعدام شد.
شیخ فضل‌الله در آغاز جنبش مشروطه از مخالفان سیدمحمد طباطبایی و عبدالله بهبهانی و از متحدان میرزای‌شیرازی بزرگ، میرزاحسن آشتیانی، حسین محدث‌نوری، سیدمحمدکاظم طباطبایی یزدی و عین‌الدوله نخست‌وزیر مقتدر مظفرالدین‌شاه بود اما پس از مدتی به مشروطه‌خواهان پیوست و در مهاجرت به قم با آنها همراهی کرد، اما پس از مدتی به مخالفت با مشروطه برخاست. پس از فتح تهران، شیخ‌فضل‌الله نوری بازداشت شد.
حکم اعدام او را شیخ ابراهیم زنجانی صادر کرد. خانواده‌اش جسد او را در منزلش دفن کردند اما بعد از 6 ماه نبش‌قبر و جسدش به قم منتقل و دفن شد.
مهدی ملک‌زاده که مخالف سرسخت شیخ بود در شرح بازداشت و اعدام او می‌نویسد: «شیخ از زمانی که حبس شد تا موقعی که اعدام گشت، تمام ساعات را با بردباری و خونسردی و متانت گذراند و ضعف‌نفس از خود نشان نداد و راه عجز و ناله و توسل به این و آن را در پیش نگرفت و شخصیت خود را حفظ کرد… برق تفنگ و سرنیزه‌ها در زیر آفتاب گرم تابستان چشم را خیره می‌کرد.
محکوم، فاصله میان محبس و محل اعدام را با خونسردی و متانت پیمود و با کبر سن و پیری، ضعف و ناتوانی از خود نشان نداد و در دقایق آخر عمر، ثبات و استقامت خود را به ظهور رسانید.» به گفته مهدی بامداد، به دستور هیات‌مدیره‌ای (سکرت فراماسون‌های شاخه فرانسه) که پس از انحلال مجلس عالی تشکیل شد، شیخ‌فضل‌الله نوری به دار آویخته شد.
مهدی بامداد در دایره‌المعارف «شرح حال رجال ایران» اعدام شیخ را از منظری دیگر تقبیح می‌کند و می‌نویسد: «قضات دادگاه و هیات‌مدیره کار خوبی نکردند که مجتهد جامع‌الشرایطی مانند حاج شیخ‌فضل‌الله نوری را به دار آویختند، چون راه را برای کشتن دیگران باز کردند و سه سال بعد در روز عاشورا حاج میرزا علی‌آقای ثقه‌الاسلام را بی‌هیچ گناهی دار زدند و او را شهید کردند.»
ادوارد براون در کتاب «تاریخ انقلاب ایران» چنین تحلیلی دارد: «او از نظر سیاسی محکوم به مرگ نشد بلکه چون[متهم بود] که فتوای قتل‌های شاه عبدالعظیم را صادر کرده و حکم کشتار به مهر او رسیده و به‌دست دادگاه و شیخ‌ابراهیم زنجانی افتاد، عصر روز 31 ژوئیه در میدان توپخانه و در حضور جمعیتی انبوه به دار آویخته شد.»
