به گزارش ایسنا، رحمان سادات نجفی، رئیس هیئت‌مدیره شورای هماهنگی و همکاری فعالان مناطق آزاد در نوشتاری آورده است: "قانون چگونگی اداره مناطق آزاد در مجلس چهارم تدوین و به‌عنوان یکی از مترقی‌ترین قوانین تصویب شد. مناطق آزاد به‌عنوان یک مدل اقتصادی، کارنامه قابل دفاعی دارند. اگرچه تمامی دستگاه‌های حاکمیتی سرزمین اصلی این قانون را برنتابیده‌اند و شاید حدود 70 درصد این قانون ابتر مانده و اجرانشده است اما در بخش اجراشده، شاهد شکوفایی و رشد مناطق آزاد هستیم. این مناطق بدون ردیف بودجه دولتی اداره می‌شوند و به‌طور عمومی از نقاط صفر مرزی و نقاط محروم انتخاب شده‌اند. تمامی زیرساخت‌ها و آبادانی که در مناطق آزاد ازجمله «کیش»، «قشم» و «چابهار» اتفاق افتاده است، قابل کتمان نیست اما عده‌ای به دنبال آن هستند که در فعالیت‌هایی که در این مناطق انجام می‌شود، خدشه وارد کنند و یکی از دستاویزهای آن‌ها، حذف معافیت مالیات ارزش‌افزوده در مناطق آزاد است.
روزی که قانون‌گذار قانون مناطق آزاد را تدوین کرد، 15 سال معافیت مالیاتی از درآمد را برای آن در نظر گرفت که پنج سال الحاقیه به آن اضافه شد و به 20 سال افزایش یافت. تبصره 52 لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده، مناطق آزاد را از پرداخت مالیات بر ارزش‌افزوده مستثنی کرده و معاف نکرده است. متأسفانه عده‌ای که به‌عنوان کارشناس در برنامه‌های مختلف ازجمله رسانه ملی دعوت می‌شوند، دراین‌باره مغلطه می‌کنند، یک‌طرفه قضاوت کرده و آن را در تضاد با منافع ملی می‌دانند که اصلاً این‌گونه نیست. متأسفانه در این برنامه‌های نمایندگان بخش خصوصی و کارشناسان حوزه مناطق آزاد حضور ندارند. اگر این قانون وجود نداشت، کسانی که در مناطق آزاد محروم سرمایه‌گذاری کرده‌اند، ترجیح می‌دادند در کشورهای همسایه که به‌مراتب مزیت‌های بیشتری دارند، سرمایه خود را خرج کنند.
برای تصویب این قانون یک میثاق ملی وجود داشته است که سرمایه‌گذار بر اساس آن در آبادانی این مناطق شرکت کرده است. اگر امروز بگوییم این قانون نباید اجرا شود، تبعات زیادی برای سرمایه‌گذاری دارد که بر مبنای قانون حاضر به حضور در این مناطق شده است؛ بنابراین با حذف این معافیت مالیاتی، سرمایه‌گذار داخلی از مناطق آزاد خارج خواهد شد.
در حال حاضر معافیت مالیات بر ارزش‌افزوده فقط به مناطق آزاد اختصاص ندارد و این قانون در موارد دیگر نیز اجرا می‌شود. برای نمونه به کالاهای همراه مسافری که از کشوری دیگر وارد ایران می‌شود نیز مالیات بر ارزش‌افزوده تعلق نمی‌گیرد. اگر مزیت‌های مناطق آزاد گرفته شود، دیگر چیزی از این مناطق باقی نمی‌ماند. البته امروز هم به دلیل هجمه‌هایی از طرف دستگاه‌های مختلف وجود دارد، چیزی از مناطق آزاد باقی نمانده است!
به‌طورقطع حذف معافیت مالیات بر ارزش‌افزوده در مناطق آزاد، ضرر بسیاری به سرمایه‌گذاری در این مناطق می‌رساند و خسران بزرگی برای کشور خواهد بود.
باید به این نکته نیز اشاره کرد که سازمان امور مالیاتی از روز نخست در ارتباط با معافیت مالیاتی مناطق آزاد، ساز مخالف زده است. این سازمان همواره به دنبال لایحه‌ای بوده تا معافیت مالیاتی مناطق آزاد را بردارد. استدلالشان هم این است که برای شفاف‌سازی می‌خواهند این عمل را انجام دهند. بر اساس یکی از بندهای قانون رفع موانع تولید در سال 1394 از مناطق آزاد خواسته‌شده که اظهارنامه مالیاتی خود را تحویل دهند تا بتوانند از معافیت استفاده کنند. جایگزین اظهارنامه مالیاتی را در ماده 11 مقررات سرمایه‌گذاری در قانون مناطق آزاد داشته‌ایم؛ به‌گونه‌ای سازمان امور مالیاتی می‌توانست اطلاعات فعالان این مناطق را دریافت کند، اما زمانی که به مناطق آزاد ورود پیدا می‌کند و اظهارنامه به‌عنوان یک تکلیف قانونی تحمیل می‌کند، قانون خاص را تحت تاثیر قرار داده است زیرا قانون رفع موانع تولید، قانون عامل کشوری بوده است و زمانی که در یک‌بند آن مناطق آزاد را ذکر می‌کنند، کار درستی نیست.
در طول سالهای مختلف سازمان امور مالیاتی سعی داشته وارد این موضوع شود و معافیت مالیاتی مناطق آزاد را مخدوش کند. رئیس سازمان امور مالیاتی در بدو ورود به این سازمان اعلام کرد که معافیت‌های مالیاتی مناطق آزاد باعث کاهش درآمد مالیاتی کشور شده است، در صورتی این‌گونه نیست. علاوه بر آن می‌گویند کسانی که در مناطق آزاد سرمایه‌گذاری می‌کنند به دنبال فرار مالیاتی هستند. این موضوع هم قابل‌قبول نیست زیرا این افراد شفاف‌ترین سرمایه‌گذارانی هستند که در کشور فعالیت دارند. برای پنهان کردن درآمدها، بهترین مکان، کلان‌شهرهاست. درکلان شهرها به‌راحتی می‌توان فعالیت‌های اقتصادی پنهان انجام داد ولی در یک منطقه کوچک مانند جزیره کیش چگونه می‌توان فعالیت اقتصادی پنهانی انجام داد؟"
