غیبت امام زمان(ع) از مفاهیم اساسی شیعه جعفری است، اما فلسفه اسلامی با گرایش شیعی توجه کمی به این مسئله داشته است. ضرورت مابعدالطبیعه غیبت از آنجا ناشی می‌شود که گرایش الهیاتی در حکمت اسلامی قائل به بررسی عقلانی موضوعات دین است.
مابعدالطبیعه و دینمابعدالطبیعه یا متافیزیک بخشی از آثار فیلسوف یونانی ارسطوست که به مباحث موجود می‌پردازد. در این شاخه نظری از دانش انسانی، موضوع تحقیق و پژوهش موجود به ماهو وجود است. وقتی موضوع پژوهش نفس وجود باشد فارغ از ذات و ماهیت ما وارد حوزه مابعدالطبیه شده‌ایم.
نگرش متافیزیکی به جهان تلاش می‌کند تا با کلی‌سازی حداکثری جهان و تحویل چیزها به موجودات از مرز تعینات بگذرد و در خصوص مفهوم کلی موجود به بحث بپردازد. پرسش از «موجود»، «ماهیت»، «وجود»، «جوهر»، «عرض»، «علت»، «وجوب» و ... مسائل اصلی این شاخه از دانش بشری را تشکیل می‌دهد. اینکه موجود و وجود چیست و چه خصائصی دارد، در این بخش از دانش بشری بررسی می‌شود.
برای مومنان، خداوند وجود مطلق است. خداوند واجب‌الوجود، علت‌العلل، قدیم، مطلق و ... خوانده شده است. وقتی مومنان به مابعد الطبیعه می‌پردازند، بخشی از تدقیقات خاص در خصوص وجود شریف و برتر یا خدا را ذیل مابعدالطبیعه به معنای تخصصی آن بنیان می‌گذارند.
ارتباط بین وجود ناقص با وجود کامل، نحوه آفرینش و مباحثی از این دست محل پرسش متافیزیکی دینداران است. برخی از پاسخ‌ها در خصوص علم خداوند، قدم عالم، سنخ وحی و ... در حوزه الهیات چالش‌برانگیز بوده است. نمونه این موارد تکفیر ابن‌سینا توسط غزالی است از این رو که او معتقد بود خداوند به جزئیات علم ندارد.
می‌توان پرسید آیا می‌توان بیان عقلی در خصوص خداوند داشت یا خیر؟ خداوند بالاتر از امور حسی است. برخی بیان کرده‌اند که این خداست که بر انسان محاط است و تفکر درباره خداوند به معنای محاط بودن بر خداوند است که محیط نیست. امام علی(ع) نیز معتقد است که خداوند ورای هر صفتی است. بسیاری از فلاسفه اسلامی در این خصوص اندیشیده‌اند و این می‌توان خبر از نوعی امکان دهد و آن امکان پرسش از الهیات دینی است. دین به مثابه یک ادعای الهیاتی در معرض پرسش الهیاتی قرار می‌گیرد و به نظر می‌رسد گریزی از پرسش نیست.
متافیزیک غیبتغیبت یکی از مسائل مهم در اندیشه شیعه جعفری است. اعتقاد به حضور حجت خدا در همه زمان‌ها اقتضا می‌کند که امام همواره حاضر باشد اما غیبت کبری نقطه عطفی در تاریخ امامت است. با غیبت امام زمان(ع) مومنان وارد دوره جدیدی از وجود می‌شوند.
آیا پرسش از حضور، پرسش از موجود به ماهو موجود است؟ به نظر می‌رسد وجود و حضور هر معنایی داشته باشند یک مصداق دارند. هر چیزی که حاضر است، وجود هم دارد. نمی‌توان گفت امر موجود غایب است. اگر بگویم فلانی موجود است یعنی حضور هم دارد. هر وجود نحوی از حضور و هر حضوری مصداقی بر وجود است. اما آیا موجود و وجود تنها یک نحو حضور دارد؟
اما آیا حضور همان وجود است؟ اگر من بگویم فلانی اینجا حاضر نیست چه؟ این جمله به معنای این نخواهد بود که بگویم فلانی کلا وجود ندارد. گفتن این که موجود حاضر نیست، گفتن این نیست که موجود معدوم است. اگر من اثبات کنم فلانی وجود دارد ثابت نکرده‌ام که فلانی حضور هم دارد.
وجود همه عرصه‌های حضور را در بر دارد. نمی‌توان گفت وجود مطلقا غیبت داشته باشد. اما یک موجود می‌تواند در جایی غیبت و در جایی حضور داشته باشد. برای مثال گوشت در جهان خارج وجود دارد اما ممکن است در یک خانه گوشت غایب باشد. وجود و حضور همیشه با هم هستند هر چند ممکن است موجود در محضری خاص حضور نیابد.
ضرورت غیبت از نظر متافیزیک اعتقاد به عرصه غیرمادی جهان است و اینکه هر چیزی که موجود است، مادی نیست. متافیزیک غیبت با متافیزیک دینی مشترک است، زیرا در متافیزیک دینی نیز جهان تنها جهان مادی نیست. اعتقاد به وجود عقول و مجردات در فلسفه اسلامی از همین دست و سنخ وجودی است.
امام(ع) اتصال وجودی انسان با خداوند را برقرار می‌کند، از این رو امام در هر دوره‌ای حاضر است. اعتقاد به غیبت نماینده اعتقاد به حضور دائمی امام است. غیبت امام(عج) به معنای عدم تاثیرگذاری امام نیست، بلکه به معنای این است که امام در جهان مادی نیست و بهره از وجود در محضری دیگر دارد.
مسائلی که می‌توان در متافیزیک غیبت مورد بررسی قرار بگیرد، عبارت است ضرورت و امکان غیبت و ظهور. پیش از طرح این مسائل می‌توان به سوال کلی دیگری پرداخت و آن تعریف امام است. امام کانون مباحث متافیزیک غیبت است. هم غیبت و هم ظهور در خصوص شخص امام مطرح است که فردی عینی است. اولین بحثی که می‌تواند در این خصوص به صورت جدی مطرح شود این است که نسبت امام(ع) و وجود چیست.
