رودخانه گلپایگان که از ارتفاعات زاگرس در مجاورت سرشاخه‌های زاینده رود و دز سرچشمه می‌گیرد اصلی‌ترین شبکه زهکش منطقه را تشکیل می‌دهد. این رودخانه علاوه بر اینکه مهمترین منبع تأمین آب شهرستان گلپایگان محسوب می‌گردد وظیفه تخلیه سیلابهای حوضه را نیز به عهده دارد. همچنین حجم زیاد از منابع شن و ماسه را برای منطقه فراهم می‌کند. بیشه زارهای اطراف رودخانه از در بند کوچری تا انتهای دربند در دراز به فاصله بیش از 25 کیلومتر، اکوسیستمی بی همتا و اصلی‌ترین مرکز طبیعی گردشگری را برای گذران اوقات فراغت مردم شهرستان گلپایگان ایجاد نموده است.
اطراف رودخانه گلپایگان از محل صفر احمد تا دربند در دراز به طول بیش از 25 کیلومتر دارای بیشه زارهای سرسبز و متراکمی از انواع درختان تبریزی سپیدار، چنار بید، زبان گنجشک، سنجد، گز، نسترن، قیچ، اشک ارژن و انواع علفهای هرز مانند نی، مرغ، شیرین بیان، تلخ بیان، پونه، ترشک، چگن، خارشتر انواع خار و دیگر گیاهان خودرو بوده و در تراسهای و ماندرهای آن به غیر از کاشت انواع محصولات زراعی، و صیفی درختان مثمری چون با دام، گردو زردآلو، سیب، آلوچه، آلبالو، به، انگور و آلو کاشته شده است. در این بخش آب رودخانه دائمی بوده به همین سبب انواع ماهیان رودخانه‌ای و کپور ماهیان، بخصوص در نواحی عمیق و محل بندهایی که آب را به مزارع و روستاها می‌رسانند زندگی می‌کنند. این رودخانه که از کوههای جنوبی خوانسار هم می‌گذرد، پس از گذشتن از گلپایگان لعل بار (اناربار) نامیده می‌شود و مازاد آن در مشرق شهرستان قم به مسیله می‌ریزد. «پل قاضیید»، با پایه‌های سنگی و طاقهای آجری که در سیلابهای عظیم سالهای 1313-14 گلپایگان را نجات داد، روی همین رودخانه‌است. روی رودخانه مزبور، در نزدیکی قریه اختخوان از توابع گلپایگان سد مهمی بسته‌اند.
رود گلپایگان رودخانه مهم این شهرستان است که در کتاب‌های جغرافیایی رود قبله نیز نامیده می‌شود. این رودخانه از این جهت رود قبله نام گرفته که جهت جریان آب آن رو به قبله (از جنوب باختری به شمال خاوری) است. شاخه‌ها یا شعبات این رودخانه از خاور کوه سفید (شمال گردنه پس گله)، کوه دره روغنی در شمال باختری روستای خلعت پوشان، بلندی‌های مشرف به روستای مغاندر و کوه قبله واقع در جنوب باختری آبادی آغچه (آقچه یا آخچه) سرچشمه می‌گیرند. این مناطق همگی جزو منتهی‌الیه شمال باختری شهرستان فریدن هستند.
