منار زین الدین را خواجه زینالدین، برادر خواجه عمادالدین محمود ( توسعه دهنده مسجد میر عماد و بناهای میدان سنگ ) در دوره جهانشاه قراقوینلوی در نیمه دوم قرن نهم هجری قمری ساخت. در کنار این مناره خانقاهی نیز بنا کرد که امروزه چیزی از آن باقی نمانده است و به جای آن مسجدی احداث کردهاند.