کاشف الغطاء دارای اخلاق الهی بود.وارسته، فروتن، سخاوتمند، غیور، متواضع، مجاهد و با مستمندان از هر راهی که می توانست برای فقرا پول جمع آوری می کرد و بر آنان انفاق می نمود .حتی نوشته اند که گاهی خود به پول جمع کردن می پرداخت و در عبای خود پول جمع آوری و در همان مجلس بر فقراء و بیچارگان تقسیم می نمود.
در دل شب، برای عبادت و راز و نیاز بیدار می شد و تا سپیده دم، در حال تضرع و گریه و زاری بود، و صبحگاهان برای درس و بحث، و برای مقابله با دشمنان دین و مذهب، همانند شیر در این میدانهای خطرناک وارد می شد و همواره پیروز و سربلند بود.شب که فرا می رسید، هنگام خوابیدن به محاسبه نفس خویش می پرداخت و گاهی خطاب به خویشتن می گفت: «در کوچکی ترا «جعیفر» (جعفر کوچولو) می گفتند، سپس «جعفر» شدی، و پس از آن «شیخ جعفر» ، و سپس «شیخ الاسلام» ، پس تا کی خدا را معصیت می کنی و این نعمت را سپاس نمی گویی؟» همیشه مردم را به خواندن نماز جماعت سفارش می کرد و بر این امر اهمیت فراوان قائل بود.غالبا در مسجدی که می رفت، نماز ظهر را با مردم می خواند، سپس برای نماز عصر، یکی از مؤمنین را که عدالتش ثابت بود به عنوان امام جماعت برمی گزید و خود نیز به او اقتداء می کرد .
میرزای نوری (ره) در مستدرک می نویسد: «سید مرتضی نجفی» که مرد عادل و با تقوی و فرد مورد اعتمادی است و در اوایل عمرش شیخ جعفر را درک کرده بود، به من گفت: «روزی شیخ جعفر برای نماز ظهر تأخیر کرد و به مسجد نیامد.مردم که از آمدن شیخ ناامید شدند، شروع کردند نماز را فرادی خواندند.چیزی نگذشته بود که شیخ وارد مسجد شد و با ناراحتی مردم را سرزنش کرد که چرا نماز را فرادی می خوانید؟ مگر یک نفر عادل بین شما نیست که به او اقتداء کنید؟ سپس مؤمنی را دید که تا اندازه ای امکانات مالی نیز داشت، و نماز می خواند.فورا به او اقتداء کرده و به نماز ایستاد.مردم که شیخ را دیدند به آن مؤمن اقتداء کرده، همه پشت سر او ایستادند و اقتداء کردند.آن مؤمن به قدری شرمنده شد که نمی دانست چگونه نماز را تمام کند.
پس از ادای نماز ظهر کنار رفته و به شیخ عرض کرد: باید نماز عصر را خود جناب عالی امامت کنید.شیخ خودداری کرد.او اصرار نمود، تا اینکه بالاخره شیخ گفت: حال که اصرار می کنی، اگر پولی بدهی که همین جا بر فقرا تقسیم کنیم، از امامت تو صرف نظر می کنیم.آن مرد پذیرفت و دویست شامی (که پول رایج آن زمان بود) به شیخ پرداخت و شیخ جعفر قبل از شروع به نماز عصر، دستور داد فقرا را جمع کنند و همانطور پولها را بر آنها تقسیم نمود.سپس به نماز ایستاد.» شیخ نسبت به مذهب خیلی تعصب داشت و در برابر دشمنان حق، بی پروا می ایستاد و مقاومت می کرد.هنگامی که وهابیها به نجف یورش آوردند و به غارتگری و جنایت دست زدند، شیخ جعفر بزرگ با دست و زبان با آنان جهاد کرد و از مذهب دفاع نمود، تا آنجا که جبهه ای در مقابل آنان گشود و رزمندگانی را برای دفاع از دین آماده ساخت و خود همراه علماء و بزرگان دین پیشاپیش آنان به راه افتاد و پس از نبردی سهمگین آنان را تار و مار کرده، از نجف راند و رئیس آنها که سعود نام داشت (و شاید از نیاکان ملک فهد، پادشاه کنونی عربستان باشد). ناچار پا به فرار گذاشته و برای انتقام جویی به کربلا حمله کرد، چون دیگر توان مقاومت در برابر یاران شیخ جعفر را نداشت.و اهل کربلا با اینکه بیشتر از اهل نجف بودند، تاب مقاومت نیاورده، تسلیم ستمگران شدند.پس از آن حادثه برای اینکه نجف اشرف از هر گزندی مصون بماند، شیخ جعفر قیام به ساختن «سور نجف» (دیواری بزرگ در اطراف نجف اشرف) نمود و محمد حسن خان صدر اصفهانی به دستور آن بزرگوار کار ساختمانی این سور مهم را به عهده گرفت و بنا کرد.
یکی از کارهای مهم شیخ جعفر را نیز می توان مقابله با میرزا محمد اخباری نام برد.این شخص از بزرگترین دشمنان مراجع اصولی بود که تهمتهای ناروا و زشت به علماء می زد و در گوشه و کنار فعالیت زیادی بر علیه آنان می کرد.شیخ جعفر برای کوبیدن او ناچار به ری سفر کرده و به تبلیغ بر علیه آن فرد اخباری مشغول شد و در این زمینه، نامه ها و رساله های مفصلی در رد میرزا محمد اخباری و مذهب او نوشت و آن قدر کوشش کرد تا اینکه حرکت او را در نطفه خفه کرد و میرزای اخباری از ترس او پا به فرار گذاشت.
