نظریه ولایت فقیه حاصل تاملات ایشان در ایام تبعید در نجف اشرف است.این نظریه، تنها نظریه ای است که بطور جدی و پیگیر از سوی اندیشمندان مسلمان و علمای احیاگر در جانشینی نظام سلطنت و حکومت پهلوی به رشته تحریر در آمد و بعدها نیز در قالب بندهایی از قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تحقق قانونی یافت و فعلیت پیدا کرد.پیش از این هم نظریه ولایت فقیه به طور جسته گریخته در برخی از آثار فقها طرح گردیده بود.
نراقی در اوان حکومت قاجاریه در کتاب «عوائد الایام » خود به طور مجمل به این بحث اشاراتی داشت، (1365) و سپس علامه نائینی در اواخر حکومت سلسله قاجاریه و در چارچوب توجیه مشروطیت به گونه ای دیگر این بحث را طرح نمود، (1360) اما هیچیک از این دو اثر ولایت فقیه را همچون یک نظام حکومتی که لازم است جایگزین نظامهای موجود شود، طرح نکردند بلکه بیشتر از باب موضوعات فقاهتی تا حدودی به موضوع نزدیک شدند.خود امام نیز در ایام قبل از دستگیری و تبعید به رغم انتقادهای آشکار و سخت از نظام پهلوی و به طور عامتر نظام شاهنشاهی (صحیفه نور، ج 1، فصل اول) طرح ولایت فقیه را بمثابه نظریه بدیل عرضه نکردند.نکته ای که حائز اهمیت بسیار است، جایگاه فقاهتی ایشان در طرح نظریه ولایت فقیه، در کنار موضعگیرهای سیاسی است.به تعبیری این اولین بار است که یک مرجع تقلید با دعوی حکومتی به نظریه پردازی مبادرت می نماید.
در ایام پیشین، فرضا در عصر صفویه، محقق سبزواری یا در زمان قاجاریه، کشفی آثار سیاسی را بوجود آوردند، اما این آثار دو تفاوت اصلی با نظریه ولایت فقیه دارند.اول اینکه پدید آورندگان آنها جایگاه مرجعیتی امام را نداشتند و دوم به جهت چارچوبهای نظری و دعاوی عرضه شده، هیچیک از این آثار دعوی جایگزینی و بدیل واقع شدن را در سر نمی پروراندند.در اساس با فوت بروجردی، زعیم اصلی حوزه علمیه قم و فرصت ناشی از تغییرات و تحولات در کمیت و کیفیت مرجعیت این امکان بوجود آمد که شخص امام در کسوت یکی از مراجع مهم در عرصه سیاست و اندیشه ورزی برای نظام بدلیل، وارد شوند.زمان فوت بروجردی تقریبا مصادف با فوت ابو القاسم کاشانی مهمترین روحانی پردازنده به عرصه سیاست پس از سید حسن مدرس در دهه های 20 و 30 نیز بود.کاشانی به رغم تلاشهای گسترده و پیشین در امرسیاست در عراق و در ایران از جایگاه مرجعیت برخوردار نبود و طبعا برد کلام و نفوذ وی محدودیتهایی را متحمل می شد و امام در قالب مرجع و عالمی مسئول در امر سیاست و اجتماع، توامان وجوه سیاسی - دینی را به نمایش گذارد و همین وحدت بود که بعدها به شکل گسترده در دفاع از ساحت سیاسی اسلام مورد تاکید قرار گرفت و با توجه به جایگاه مرجعیت ایشان و انتظاراتی که در جامعه بوجود آمده بود، بدل به یک باور متعارف گردید.
نظریه ولایت فقیه (1356) بخشی از درس گفتارهای ایشان در نجف بود.سال 1348 سال درس گفتارهای یاد شده یعنی نزدیک به 5 سال پس از تبعید ایشان و در حالی که نظام شاه در ایران کاملا مسلط به نظر می آمد و بتدریج آماده می شد که حتی مسئولیتهای فرامرزی بیشتری را در خلیج فارس و منطقه بر عهده گیرد، بظاهر زمان مناسبی برای طرح نظام جایگزین نبود.
خود امام هم متذکر می شوند که داشتن سطح فکر وسیع و مایوس نگردیدن در شرایط سختی و فشار، عاملی موثر در پیشبرد وظایف و طرح نقشه ها و نظریات است تا که اگر خود شخص نیز فرصت فعلیت یابی آنها را پیدا نکرد، حتی بعد از 200- 300 سال، دیگران نتوانند به این کار مبادرت ورزند به نظر می رسد که امام صرفنظر از آنچه که در ایران معاصر می گذرد، لازم می دید نهضت اسلامی به اندیشه ای مناسب مجهز شود.نظریه ولایت فقیه صرفا نظریه ای در جایگزینی نظام شاهنشاهی نبود، بلکه به نوبه خود، لازم می دید با مخالفتهای داخلی میان روحانیون و کسانی که بگونه ای سنتی، به تمایز دین و سیاست اعتقاد داشتند در جدل بودند.امام در پاسخ به همین گروه به کرات از اهمیت توجه به مسائل سیاسی - اجتماعی صحبت می کند و به روحانیون گوشزد می نماید که تبلیغات منفی از سوی اجانب صورت می گیرد تا با دور داشتن آنان از دخالت در امور به مقاصد خود دست یابند و از این طریق آنان را کهنه پرست و عقب مانده معرفی نمایند.
اصولا از نظر صاحب نظریه ولایت فقیه، حکومت و ولایت در اسلام از موضوعاتی است که تصور آنها موجب تصدیق می شود و چندان به برهان احتیاج ندارد.ولی اینکه چنین امر بدیهی با مخالفتهایی روبرو شده است، برخاسته از وضعیت عمومی مسلمانان و حوزه های علمیه به طور خاص می باشد.از نظر امام، اسلام یک دین جامع است به تبع همین جامعیت بعد سیاسی هم دارد.اگر اسلام به سرنوشت مسلمانان و نوع زندگی آنها توجه دارد، لاجرم نمی تواند از ساحت حکومتی بی بهره باشد.ایشان در بی اثر کردن مخالفین و شان حکومتی اسلام در باور مذهب شیعه به سنت و سیره پیامبر در انتخاب خلیفه که منظور همان حضرت امیر باشد، اشاره داشته و سپس نتیجه می گیرند که این اقدام نمی توانست تنها برای بیان «احکام » بوده باشد.بیان احکام نیاز به چنین تمهیدات مهمی ندارد.آشکار است که بخشی از فعالیتهای امام از جمله در درس گفتارهایشان برای بی اثر کردن ذهنیت متعارف عامه مسلمانان شیعی و بخصوص روحانیون بود، تا که بتواند آنان را به آنچه که یک امر بدیهی شناخته می شد، یعنی استقرار حکومت اسلامی، متقاعد می سازد.
این اندیشه که پس از غیاب امام معصوم، شیعیان چندان مسئولیتی در بدست گیری قدرت ندارند، از دیر باز بخش قابل توجهی از فضای فکری و آموزه ای شیعیان را تشکیل داده بود و حال آن که امام سعی می کردند که قرائت خود را از جوهر اسلام و تشیع همچون قرائت بدیل و طبعا درست، عرضه بدارند.دلیل عقلی برای وجوب حکومت، جلوگیری از هرج و مرج و بی سرانجامی امور مردم است.اما آنچنان که این دلیل عقلی را از وجوب حکومت به مفهوم عام به یک حکومت اسلامی به گونه ای خاص در می آورد، ادامه این استدلال است.اما در راستای توجیه خود و در وجوب حکومت اسلامی به اصل مسلمان بودن آنان و لزوم رعایت شرع و قوانین اسلامی تمسک می جوید.قوانین برای تحقق خود نیازمند قوه اجرائیه و به تعبیری حکومت می باشند در همه ممالک عالم اینطور است که تنها جعل قانون فایده ندارد، تنها قانون سعادت بشر را تامین نمی کند، پس از تشریع قانون باید قوه مجریه بوجود آید.اما به دنبال این استدلالات و توجهات ساده، نتیجه می گیرند که ولی امر، متصدی قوه مجریه و قوانین هم هست.کتاب «ولایت فقیه » یا همان درس گفتارهای امام با اینکه نظریه ولایت فقیه را به مخاطبان و نهضت اسلامی عرضه می دارد، اما این نظریه را کاملا گسترده و در شئون و تعمیمات ساختاری یا نهادی مورد بحث قرار نمی دهد.صاحب اثر بیشتر بدنبال آن است که با رائت خود از اسلام، اذهان را متوجه ساخت حکومتی اسلام و به تبع آن، نظریه ولایت فقیه در غیاب امام معصوم برای شیعیان بنماید.
این هسته اصلی برای پردازش نظری بیشتر باید در انتظار حوادث بعدی بماند و صاحب آن اینگونه تشخیص داد که به جای گسترش منظومه نظریه خود، هسته مذکور را از تعدیات دشمنان یا دوستانی که تحت القائات دیرینه، اصولا آمادگی شنیدن چنین حرفها و مسائلی را نداشتند، حفظ کند.لذا جای تعجب ندارد که این نظریه به مرور و به طور مشخص در ایام منجر به پیروزی انقلاب و پس از آن دستخوش تعابیر و تفاسیر بسیار در پردازش یا نقادی گردد.
امری که هنوز ادامه دارد.به همین اعتبار دیدگاههای فقه شیعه در باب دولت به نوبه خود مورد توجه پژوهشگران قرار گرفت و نظریه های مختلفی در این راستا استخراج شدند. (شهریور 1376) اما در اینکه نظریه ولایت فقیه نهضت اسلامی را در ابتدا صاحب یک نظریه حکومتی خاص گردانید تردیدی نمی باشد.اهمیت نظریه از یک سو و وزن و اعتبار و خاستگاه اجتماعی صاحب آن برد و گسترش بسیاری به «ولایت فقیه » داد.گذشته از جنبه های نظری بحث، مقوله ولایت فقیه و همچنین پیروزی انقلاب اسلامی و نقش روحانیون در این دو مهم، دست مایه برخی از پژوهشها در قالب تاریخ معاصر ایران شده است.