باید توجه داشت که علت مخفی بودن قبر حضرت علی (ع) و حضرت زهرا (س) یکسان نبوده است.
علت مخفی بودن قبر حضرت علی (ع) آن بوده که افراد نابخرد و جاهل و هتاکی که دشمنی آن حضرت را در دل داشته اند، ممکن بوده به قبر مبارک ایشان بی احترامی کنند، ولی بعدها در اثر گذشت زمان و از میان رفتن این افراد و نیز قدرت یافتن مکتب اهل بیت (ع)، احتمال هتک حرمت به قبر ایشان کم شده بود. از طرف دیگر با توجه به مخفی بودن قبر ایشان در میان نیزار و بیابان، مردم قهراً در اثر عدم شناخت محل قبر، حتی به صورت تقریبی، از برکات فراوان و فیوضات وجودی آن بی بهره می ماندند، به همین جهت ائمه (ع) ابتدا محل دقیق قبر مطهر ایشان را به شیعیان خالص معرفی نمودند و کم کم در اثر قدرت یابی و تشکل یافتن شیعه، به صورت عمومی شناخته شد.
اما علت مخفی بودن قبر حضرت زهرا (س) که به وصیت و دستور خود آن حضرت صورت گرفت، در واقع اعتراض به جریان به وجود آمده در مسیر خلافت پس از پیامبر (ص) و زیر پا گذاشته شدن حق و حقیقت در جریان خلافت و انزجار از آن جریان بوده است پس تا زمانی که جامعۀ مسلمین به طور کلی به این حقیقت اعتقاد پیدا نکنند و مسیر خلافت را در همان شکل نادرست نآب آنبستیمبآن باور داشته باشند، که نتیجۀ آن دور ماندن از بسیاری از حقایق اسلام است، قهراً علت مخفی بودن قبر آن حضرت نیز وجود خواهد داشت.
نکتۀ دیگر آن که مخفی بودن قبر آن حضرت سدی است که از تحریف تاریخ صدر اسلام جلوگیری می کند و مانع می شود تا گروهی به طور کلی برخورد حضرت زهرا (س) را نسبت به حوادث به وجود آمده انکار کنند. این مسئله خود علامتی است که شیفتگان حقیقت را در دریای متلاطم فتنه ها به سوی ساحل نجات راهنمایی کرده و غبار را از چهرۀ حقیقت می زداید و حجت الاهی را بر همگان تمام می گرداند.
علاوه چون محدودۀ تقریبی قبر آن حضرت بیان شده است، مردم می توانند در این اماکن که نزدیک به هم است از برکات و فیوضات معنوی قبر منور ایشان استفاده کنند.
به هر حال آنچه بیان شد نکاتی است که قرائن و شواهدی آنها را تائید می کنند و به معنای آن نیست که تمام اسرار همان است که بیان شد؛ یعنی ممکن است اسرار دیگری در این مسئله نهفته باشد که بر آیندگان مکشوف گردد.