اولاً باید گفت ملاصدرا نیز برای عقل انسان محدودیت قائل است. از نگاه او اندیشه نخبگان علمی و عقلی بشر از درک نفس خویش عاجز است، چه رسد به درک حقایق زمینی و آسمانی و احاطه بر دقایق آفرینش و عجایب فطرت و آثار آن. چگونه امکان پذیر است چنین انسانی درباره آن همه موجودات مادی و غیرمادی که در عالم هستی وجود دارد اطلاع کامل داشته باشد؟ او می گوید:
