سالهای 1281 تا 1312 ق عصر مرجعیت و زعامت عامه میرزای مجدد محمد حسن شیرازی است. در اهمیت مقام علمی او همین بس که شیخ اعظم هر وقت مسئله ای را مورد بحث قرار می داد و میرزا حضور داشت، نظر او را جویا می شد. و بارها میرزای شیرازی را مجتهد مطلق معرفی کرد. دیری نپایید که میرزا در درس شیخ بر همگان برتری یافت و آنگاه که استادش و دیگران شایستگیها و خصلتهای ویژه ای در او یافتند، میرزا را بیش از پیش مورد توجه و عنایت قرار دادند. و از این رو با رحلت شیخ اعظم، و با در گذشت آیت الله سید حسین کوه کمره ای، مرجعیت شیعه به وی محول شد. او نخستین مجتهدی است که شیوه اجتهادی شیخ انصاری را ترویج کرد. علامه محقق شیخ آقا بزرگ تهرانی دانش پژوهان مکتب میرزای شیرازی را که به تحصیل و تحقیق مشغول بودند بالغ بر سیصد و هفتاد نفر نام برده است.
میرزا در مقام تدریس نیز از اهمیت و اعتبار شایسته ای برخوردار بود به طوری که در مجلس درس او چهره های درخشان و شخصیتهای برجسته ای دیده می شدند. از جمله شاگردان مبرز او آخوند خراسانی، سید محمد فشارکی و حاج آقا رضا همدانی هستند که هر کدام در گسترش و تطور بحثهای اجتهادی نقش مؤثری داشتند.
