اصل تفکیک قوا بعنوان بهترین شیوه در تشکیلات نظامها سیاسی معاصر پذیرفته شده است و بر اساس آن وظائف و اختیارات حکومت در سه ارکان و تشکیلات سیاسی («قانون گذاری» و «اجرائی» و «قضائی») تقسیم بندی و قدرت و حاکمیت دولت از کانال این سه قوه اعمال گردیده است.
هدف از نظام سه قوه ای در تشکیلات حکومت، ایجاد تعادل و توازن قوا و جلوگیری از تمرکز قدرت و فراهم آوردن زمینه اعمال همه اختیارات و اقتدارات دولت بوده است.
اکنون با توجه به این شیوه مقبول جهان معاصر سؤالی که مطرح می شود این است که در نظام سیاسی اسلام تشکیلات حکومت اسلامی بر پایه چه نوع قوا و بر اساس چه نوع ارتباط خاص فیمابین خواهد بود؟
در پاسخ به این سؤال می توان شیوه هائی را که قابل پیش بینی و یا حداقل محتمل است به این ترتیب مطرح نمود.
.1 با توجه به اختیاراتی که فقیه و قاضی جامع الشرائط در نظام اسلامی دارد و تشخیص و اعلام قانون بر عهده فقیه جامع الشرایط بوده و قضاوت حق اختصاصی وی شناخته شده است، قوه مقننه و قوه قضائیه را مرکب از فقهای واجد شرائط و منتخب مردم و یا منتخب خبرگان منتخب مردم دانست، و قوه مجریه را با انتخابات عمومی در اختیار منتخب مردم (اعم از فقیه و غیر فقیه) قرار داد که زیر نظر فقیه منتخب فقهای قوه مقننه و یا با نظارت فقیه منتخب فقهای دو قوه مقننه و قضائیه و یا با نظارت فقیه منتخب خبرگان، وظائف قوه مجریه را انجام دهد.
در این طرح با مشارکت فقها در دو قوه مقننه و قضائیه و نظارت فقیه بر قوه مجریه همسو بودن و مطابقت خواست مردم با موازین اسلامی و یکپارچه شدن حاکمیت ملی با ولایت فقیه تحقق می بخشد بدون آنکه به نهادی غیر از قوای سه گانه نیازی وجود داشته باشد. و در حقیقت رهبری و امامت بطور مستقیم از درون دستگاه قضائی منتخب مردم و قوه مقننه متکی به آراء ملت و با نظارت فقیه بر قوه اجرائیه جریان می یابد و مسئله اختلاف نظر فقها هم در این میان حل می شود. و بدین ترتیب مشکل بزرگ اختلاف فقهای واجد شرائط با رهبری کلی نظام سیاسی توسط یک فقیه منتخب از میان برداشته می شود.
.2 قوه قضائیه که بدون قاضی فقیه واجد شرائط مشروعیت ندارد توسط فقهای منتخب مردم و یا فقهای منتخب خبرگان منتخب مردم و یا فقهای منتخب قوه مقننه اداره می شود و دو قوه دیگر یعنی مقننه و مجریه توسط منتخبین مردم با نظارت فقیه واجد شرائط منتخب مردم و یا فقهای واجد شرائطی که توسط مردم برگزیده شده اند، تشکیل و وظایف قانونی خود را عمل می کنند . و در مورد قوه مجریه می توان فقیه منتخب خبرگان را برای نظارت بر آن قوه پیشنهاد نمود .
در این طرح ضمن اینکه نظارت فقیه بدون نیاز به تشکیل نهادی خارج از سه قوه تأمین می گردد، قوه مقننه بیشتر در قلمرو حاکمیت ملی قرار می گیرد، ولی نقطه منفی آن در مقایسه با طرح اول در این است که در طرح دوم قوه قضائیه در یک صورت با قوه مقننه تداخل و اختلاط پیدا می کند و اصل تفکیک و استقلال قوا خدشه پذیر می گردد، ولی در مورد قوه مجریه تفاوتی بین دو طرح وجود ندارد و به همین دلیل خدشه پذیری اصل تفکیک و استقلال قوا در این مورد نسبت به برخی از احتمالات آن مشترک است.
.3 با حفظ فرض احتمالات صورت اول، قوه مجریه در اختیار فرد منتخب مردم بدون نظارت فقها قرار گیرد و اصل آزادی و احترام به آراء عمومی و اعمال حاکمیت ملی در قلمرو اجرا در حد اعلا، مراعات گردد و فقها صرفا در جریان دستگاه قانونگذاری با استناد به رأی مردم طبق موازین اسلامی قوانین اسلامی را تصویب و در قوه قضائیه طبق احکام قضائی اسلام دادرسی نمایند.
.4 قوه مقننه و قوه قضائیه توسط فقهای منتخب مردم، و قوه اجرائی توسط فرد منتخب مردم با نظارت دو قوه مقننه و قضائیه، حاکمیت ملی را اعمال نمایند.
در این طرح گرچه استقلال قوه مجریه نقض شده و با نظارت دو قوه مقننه و قضائیه نوعی تمرکز قدرت اعمال گردیده ولی با این تکنیک دو اشکال بزرگ برطرف شده: نخست با توجه به زمینه های سوء استفاده از قدرت که معمولا در قوه مجریه وجود دارد، چنین خطری دفع شده، و دوم اینکه قدرت اجرائی نوعی حاکمیت بر مردم است که قطع نظر از مردمی و منتخب مردم بودن باید از مشروعیت الهی و مکتبی نیز برخوردار باشد و از این رو با نظارت فقهای منتخب مردم در قوه مقننه و قضائیه این اشکال نیز برطرف می گردد.
.5 هر سه قوه توسط آراء مردم با انتخاب عمومی تشکیل و اعمال حاکمیت ملی را بر عهده می گیرند، و نمایندگان مجلس و نیز رئیس قوه مجریه و همچنین عالیترین مقام قضائی و یا اعضای شورای عالی قضائی توسط مردم انتخاب می شوند، و فقیه جامع الشرائط منتخب اکثریت قاطع ملت و یا منتخب خبرگان و یا شورای رهبری منتخب مردم یا خبرگان، نظارت شرعی بر اعمال حاکمیت سه قوه را بر عهده می گیرد، و نظارت رهبری بر قوه مقننه توسط شورای فتوا و در مورد قوه قضائیه و مجریه توسط شورای بازرسی انجام می گیرد و اعضای هر دو شورا را مقام رهبری تعیین می کند.
در این طرح نهاد امامت و رهبری بطور جداگانه و مستقل از قوای سه گانه و همچنین هر سه قوه مستقل فرض شده و قوه قضائیه نیز چون قوه مقننه و قوه مجریه مظهر کامل حاکمیت ملی است و مقام مسئول آن توسط مردم با انتخابات عمومی برگزیده می شود.
.6 طرح اجرا شده در جمهوری اسلامی ایران که قانون اساسی مبین آن طرح است، در این طرح دو قوه مقننه و مجریه در اختیار حاکمیت ملت قرار گرفته و مقامات مسئول آن دو توسط آراء عمومی و انتخابات تعیین می شود، و قوه قضائیه نیز بنحو خاصی (دو عضو شورای عالی قضائی توسط رهبر و سه عضو دیگر توسط قضات) برگزیده می شود، و فقیه جامع الشرائطی که بصورت سنتی انتخاب می گردد و یا توسط خبرگان معین می شود و یا شورای رهبری منتخب خبرگان، نظارت بر سه قوه را بر عهده می گیرد.