امام محمد باقر(ع)تقریبا آغاز مرحله دوم از مراحل فعالیت پیشوایان را،بنابر تقسیمی که در بحث از مراحل فعالیت امامان کردیم و آن را ادامه دادیم،تشکیل می دهد.
بالجمله اگر پیشوایان مرحله نخستین وظیفه نگاهداشت اسلام را از خطرصدمه انحراف،و مصونیت اسلام را به عنوان قانونگذار تحقق بخشیدند،کوششهای پیشوایان مرحله دوم با فعالیت امام باقر(ع)آغاز گردید و برتری فعالیت آن بزرگوار این بود که به توده شیعه شکلی تفصیلی و خاص داده و آن را به حرکت در آورد،البته در چهار چوب تفصیلی مختص بخود.این توده شیعی،به عنوان توده مؤمن و نگاهدارنده خط حقیقی اسلام شناخته میشد و به عبارت دیگر همه کوشش امام این بود که به شیعه شکلی مخصوص بدهد وخصوصیات آنرا مشخص کند و آن گروه را بعنوان گروه مؤمن و حافظ خطحقیقی اسلام بشناساند.
تفاوت میان این دو مرحله آن بود که پیشوایان مرحله نخستین معنای تشیع را در نطاقی تنگ و مخصوص آشکار کردند زیرا آنان به چاره گری هدف مهم خود یعنی محافظت اسلام از صدمه انحراف توجه داشتند در حالیکه پیشوایان مرحله دوم،بخصوص امام باقر(ع)فراز آمدند تا شیعه را بشکل حقیقی آن در آورند و در سطح عام،چهار چوبی تفصیلی و دربرگیرنده به گروه شیعه بدهند و برنامه اش را تنظیم کنند.معنای این سخن آن نیست که پیشوایان مرحله نخستین برای ظاهر ساختن توده شیعه کاری نکردند،بلکه فعالیت آنان در این زمینه فعالیت ثانوی و ایجاد نظم مخصوص بود و این فعالیت در سطحی خاص توسط امام علی(ع)صورت گرفته بود و امثال سلمان پارسی و ابوذرغفاری و عمار بن یاسر و مالک اشتر و دیگران از شیعیان او بودند.