روز 13 مهر ماه 1344 حضرت امام به همراه فرزندشان آیت الله حاج آقا مصطفی از ترکیه به تبعیدگاه دوم یعنی کشور عراق، اعزام شدند. به محض اقامت امام در نجف سیل نامه و تلگراف به سمت ایشان سرازیر شد. علما و شخصیت های مختلف از نقاط گوناگون ایران، به ویژه از حوزه علمیه قم، سعی کردند با ارسال نامه و تلگراف، خوشحالی خود را از تشرف ایشان به عتبات عالیات آشکار نمایند. امام در این تاریخ از طریق روحانیون متعهد با مردم سخن می گفت و در پاسخ پیام ها، تلگراف ها و نامه هایی که از حوزه های علمیه، مقامات روحانی و مردم دریافت می کرد «پیام هایی مبنی بر ادامه مبارزه علیه دولت» و «عدم تضعیف حوزه ی علمیه ی قم» ارسال می نمود. نامه ها و پیام های ایشان در میان طلاب قم و روحانیان مقیم تهران پخش و دست به دست می شد.
نخستین اعلامیه
با این حال امام نخستین اعلامیه خود را پس از تبعید به عراق در تاریخ 27 فروردین 1346 /5 محرم 1387 خطاب به حوزه های علمیه صادر کرد و در پی آن نامه سرگشاده ای نیز برای امیرعباس هویدا، نخست وزیر وقت فرستاد. در پیام آن حضرت به حوزه های علمیه جسارت و شهامت برای مبارزه و امید به پیروزی قریب الوقوع موج می زند. امام با رسوا کردن نقشه ی استعمار که «محو اسلام و احکام مقدس قرآن» و «محو و مسخ قانون اساسی است» علمای اسلام و جوانان را به استقامت و پایداری فرا می خواند و به ملت ایران، با صراحت نوید می داد «که دستگاه با شکست مواجه خواهد شد». در پیام دیگری خطاب به امیرعباس هویدا نیز امام با صراحت و قاطعیت به افشاگری پرداخت و بیدادگری ها و قانون شکنی های رژیم ایران را برملا کرد. جشن های غیرملی را که هر سال چندین بار برگزار می شد، مصیبتی جانگداز «برای اسلام و مسلمین و ملت فقیر و پابرهنه ی ایران» دانست و رژیم را به همکاری با صهیونیسم و بازگذاشتن دست آژانس یهود در ایران محکوم کرد.
این نامه آخرین پیامی است که امام برای نصیحت و اتمام حجت خطاب به یکی از مسئولان رژیم شاه فرستاد. ایشان با این کار رسالت خویش را برای پند و اندرزگویی با طاغوت که «شاید به خود آید و از خدا بهراسد» انجام دادند.
در خرداد سال 1346، ژوئن 1967، نیروی هوایی اسرائیل با یک حمله ی غافلگیرانه سی فرودگاه ممالک عربی مصر، سوریه، اردن، عراق و لبنان را درهم کوبید و بیش از 500 هواپیمای آنها را در روی زمین، یا در آسمان منهدم کرد. به دنبال آن، نیروهای زمینی آن کشور قسمتی از اراضی اردن و سوریه و تمامی صحرای سینای مصر را به اشغال خود درآورد.
دفاع از حقوق مسلمانان
علل شکست اعراب و پیروزی چشمگیر اسرائیل در این جنگ نخست ضعف بنیه ی دفاعی اعراب بود؛ زیرا کودتاهای پی درپی و تصفیه ها و کشت و کشتارهای متعاقب آن منجر به تضعیف روحیه ی سربازان و افسران سپاه اعراب شده بود. دلیل دیگر، ثبات سیاسی اسرائیل و کمک های مالی و نظامی کشورهای اروپایی و به خصوص امریکا به این کشور بود. رژیم ایران نیز که در آن زمان با جمال عبدالناصر، رئیس جمهور مصر سخت مخالف بود و با رژیم های عربی هم میانه ی خوبی نداشت، پنهانی از اسرائیل حمایت می کرد.
با بروز این تهاجم امام که معتقد بود ایدئولوژی اسلامی مرز نمی شناسد و مسئله دفاع از حقوق مسلمانان در عرصه ی روابط بین الملل از اوجب واجبات است، با صدور اعلامیه ای، تهاجم اسرائیل را محکوم کرد و هرگونه رابطه ی سیاسی، نظامی و اقتصادی را با آن کشور حرام دانست. انتشار این اعلامیه که در حقیقت فتوای زعیم بزرگ جهان اسلام بود و مصاحبه ی رادیویی امام در مخالفت با یهود و قطع رابطه با اسرائیل ضربه ی بزرگی برای نقشه های استکبار جهانی محسوب می شد. علما و روحانیون آگاه از این حرکت امام پشتیبانی و بسیاری از آنها به پیروی از ایشان اعلامیه صادر کردند.
نهضت امام(ره)
ادامه یافتن نهضت امام در تبعیدگاه و پیگیری مبارزات ایشان از راه های جدید که با هر حرکت، موجی در میان اقشار بیدار و آگاه اجتماع ایران پدیدار می کرد، شاه را نگران و وحشت زده نمود، چرا که باور نمی کرد امام با آن جوّ حاکم بر نجف بتواند مبارزات خود را علیه رژیم ایران دنبال کند. ازاین رو در پی یک قدرت نمایی شاهانه برآن شد تا در برابر فعالیت های امام و طرفداران ایشان با شدت بیشتری مقابله کند. نخستین اقدام برای اجرای این تصمیم اشغال و غارت مدرسه فیضیه ی قم بود. محل مذکور از دیرباز سنگر اصلی مبارزه علیه رژیم بود و شعارنویسی های انقلابی و الصاق اعلامیه های امام بر در و دیوار این مدرسه همواره برای مأموران مسلح ساواک و شهربانی دردسر می آفرید.
به دنبال اشغال مدرسه فیضیه قم به وسیله ی ساواک، بار دیگر مجاهدان روحانی یکپارچه به حرکت درآمدند. در قم و تهران و بعضی شهرستان ها به عنوان اعتراض به این عمل غیرقانونی رژیم شاه، مراجع روحانی دست به اعتصاب زده و از اقامه نماز جماعت و تشکیل مجالس مذهبی خودداری کردند. محصلان علوم اسلامی نجف نیز با سخنرانی در نماز جماعت و راهپیمایی در خیابان ها از علمای نجف برای پایان دادن به اعمال خشونت آمیز ایران استمداد خواستند.
موج مخالفت و اعتراض، سرانجام رژیم را به عقب نشینی واداشت و مدرسه فیضه قم دوباره باز شد، امّا برای جبران این شکست ساواک برگزاری مراسم و روضه خوانی و سوگواری در منزل امام در قم را ممنوع اعلام کرد و آقای پسندیده را به طور رسمی و برخلاف قانون از اقامت در قم منع نمود.
یورش به منزل امام در قم و بازرسی از آن، واکنش دیگری در برابر صدور اعلامیه امام بود. با صدور این فرمان منزل امام در قم، با تشریفات قانونی و با حضور نماینده ی دادستان محل به طور کامل مورد بازرسی قرار گرفته و کلیه ی کتاب ها، جزوات، نشریات و اعلامیه های موجود در کتابخانه منزل پس از بازرسی به تهران منتقل گردید. هم زمان با این یورش غیرقانونی به منزل امام، کتابخانه جدیدالتأسیس ایشان در قم، به نام کتابخانه «ولی عصر» نیز به یغما برده شد. در این تهاجم وحشیانه هزاران جلد کتاب های علمی، فلسفی، سیاسی، اقتصادی و اخلاقی آن کتابخانه به تاراج رفت و در کتابخانه نیز مهروموم گردید.
تهدید و ارعاب
واکنش دیگر رژیم شاه، پس از بازرسی و بستن منزل و کتابخانه امام این بود که مسئولان پرداخت شهریه امام را در قم به ساواک فرا خواند و با تهدید و ارعاب از آنها التزام گرفت که از پرداخت شهریه امام در قم خودداری کنند. به دنبال آن چند تن از مسئولان شهریه ی امام دستگیر و تبعید شدند. ساواک بار دیگر به جمع آوری رساله عملیه ی امام- که از سال 1344 خرید و فروش آن ممنوع اعلام شده بود- تأکید کرد و بهمنظور فشار هرچه بیشتر بر پیروان راستین امام دستور داد از مسافرت آنها به مکه جلوگیری شود. حتی زمانی رسید که رژیم از شدت استیصال و به جهت آنکه حربه ی دیگری برای تضعیف امام و نهضتش نمی یافت، کوشید با متهم نمودن ایشان به همکاری با کمونیست ها، چهره ی امام را نزد مردم مخدوش کند. امّا آگاهی و روشن بینی مردم در این مرحله باعث شد تسلیم توطئه های عوام فریبانه ی رژیم و حزب توده نشوند و همچون گذشته بلکه بیش از آن رهبر بیدار خویش را مورد حمایت قرار دهند. در نجف نیز امام به موقعیت محکمی دست یافته بود و مورد حمایت قشرهای مختلف مردم و روحانیون بود. محبوبیت امام به تدریج باعث افزایش نگرانی رژیم ایران شد تا آنجا که شاه دوباره به اندیشه ی تغییر تبعیدگاه امام افتاد و درصدد بود جهت دور کردن امام از ایرانیان و مسلمانان، ایشان را به کشوری مانند هند تبعید کند. امّا انتشار این شایعه چنان واکنش شدیدی در میان مردم و نیروهای مبارز در پی داشت که رژیم از اجرای آن منصرف شد.